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- PDB-4oo1: Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oo1
タイトルStructure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA
要素
  • (Exosome complex component ...) x 9
  • Exosome complex exonuclease RRP6
  • POLY A RNA
キーワードHYDROLASE/RNA / RNA EXOSOME COMPLEX / RNA PROCESSING/DECAY / NUCLEUS / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process ...nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone mRNA catabolic process / rRNA catabolic process / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / rRNA primary transcript binding / RNA catabolic process / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / rRNA metabolic process / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA processing / mRNA processing / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / single-stranded RNA binding / nucleotide binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #880 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / HRDC domain ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #880 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / HRDC domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / : / Helicase and RNase D C-terminal / K Homology domain, type 1 / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / HRDC domain superfamily / 3'-5' exonuclease / K Homology domain, type 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / HRDC-like superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 ...PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP6 / Exosome complex component RRP42
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lima, C.D. / Wasmuth, E.V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
著者: Wasmuth, E.V. / Januszyk, K. / Lima, C.D.
履歴
登録2014年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex component RRP45
B: Exosome complex component SKI6
C: Exosome complex component RRP43
D: Exosome complex component RRP46
E: Exosome complex component RRP42
F: Exosome complex component MTR3
G: Exosome complex component RRP40
H: Exosome complex component RRP4
I: Exosome complex component CSL4
J: Exosome complex exonuclease RRP6
S: POLY A RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,65617
ポリマ－359,10511
非ポリマー5526
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45950 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area116210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.292, 200.083, 97.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
Exosome complex component ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 Exosome complex component RRP45 / Ribosomal RNA-processing protein 45


分子量: 34001.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp41/Rrp45
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: D9954.1, RRP45, YDR280W / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q05636
#2: タンパク質 Exosome complex component SKI6 / Extracellular mutant protein 20 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / Superkiller protein 6


分子量: 28007.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp41/Rrp45
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: ECM20, G7587, RRP41, SKI6, YGR195W / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P46948
#3: タンパク質 Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 43


分子量: 44060.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp46/Rrp43
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: RRP43, YCR035C, YCR35C, YCR522 / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P25359
#4: タンパク質 Exosome complex component RRP46 / Ribosomal RNA-processing protein 46


分子量: 24574.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp46/Rrp43
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: RRP46, YGR095C / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P53256
#5: タンパク質 Exosome complex component RRP42 / Ribosomal RNA-processing protein 42


分子量: 29492.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp42/Mtr3
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: RRP42, YDL111C / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q12277
#6: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / mRNA transport regulator 3


分子量: 27603.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp42/Mtr3
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: G6676, MTR3, YGR158C / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: P48240, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#7: タンパク質 Exosome complex component RRP40 / Ribosomal RNA-processing protein 40


分子量: 26990.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp40
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: RRP40, YOL142W / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q08285
#8: タンパク質 Exosome complex component RRP4 / Ribosomal RNA-processing protein 4


分子量: 39877.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp4
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: RRP4, YHR069C / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P38792
#9: タンパク質 Exosome complex component CSL4 / CEP1 synthetic lethal protein 4


分子量: 32026.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Csl4
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: CSL4, N1154, SKI4, YNL232W / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P53859

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 JS

#10: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6


分子量: 64612.707 Da / 分子数: 1 / Mutation: D238N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as Smt3-Rrp6
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: RRP6, UNC733, YOR001W / プラスミド: pSmt3 pRSFDue1-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#11: RNA鎖 POLY A RNA


分子量: 7855.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 6分子

#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#13: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#14: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#15: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 7-11% PEG3350, 100 mM MES pH 6.7, 4-15% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 56332 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 113.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4IFD, 2NN6 AND 2HBL

4ifd

2nn6

2hbl


解像度: 3.3→48.426 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 2855 5.07 %
Rwork0.2268 --
obs0.2288 56321 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21445 119 26 0 21590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47429765
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5248251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0323470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.35690.40021300.35352656X-RAY DIFFRACTION97
3.3569-3.41790.39271410.35942575X-RAY DIFFRACTION97
3.4179-3.48360.34841450.35712628X-RAY DIFFRACTION97
3.4836-3.55470.3681220.33172602X-RAY DIFFRACTION97
3.5547-3.6320.35551400.31922665X-RAY DIFFRACTION98
3.632-3.71650.33221550.2972645X-RAY DIFFRACTION98
3.7165-3.80940.3331370.29172633X-RAY DIFFRACTION98
3.8094-3.91230.28681470.27242616X-RAY DIFFRACTION97
3.9123-4.02740.36731440.27322634X-RAY DIFFRACTION97
4.0274-4.15730.31571340.25892640X-RAY DIFFRACTION97
4.1573-4.30580.29261240.2482610X-RAY DIFFRACTION96
4.3058-4.47810.3031600.22092644X-RAY DIFFRACTION97
4.4781-4.68170.2521480.20672631X-RAY DIFFRACTION97
4.6817-4.92830.28311480.21212638X-RAY DIFFRACTION97
4.9283-5.23680.2251330.20772705X-RAY DIFFRACTION99
5.2368-5.64050.2731390.23112727X-RAY DIFFRACTION99
5.6405-6.20710.34461580.24182736X-RAY DIFFRACTION99
6.2071-7.10290.28541650.23292742X-RAY DIFFRACTION100
7.1029-8.93970.23231430.18362822X-RAY DIFFRACTION100
8.9397-48.43070.15731420.16792917X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4897-1.60190.31940.8129-0.69421.18380.13740.1754-0.11230.2-0.20410.5232-0.3910.01890.04211.2872-0.3096-0.03120.7662-0.1361.3781207.723277.1539343.8784
23.22140.0264-0.37631.21130.80441.36640.0711-0.3482-0.11020.72130.06060.1603-0.64050.1375-0.07421.3587-0.13340.17270.7757-0.05350.9336209.895565.7139361.7242
31.31080.71310.18271.90180.28390.0661-0.37510.38040.05550.23640.0543-0.3434-1.09650.24750.13252.1172-0.35940.04540.8131-0.24651.2291209.360990.4139352.6003
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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