PDB-4omr: Crystal structure of Tfu_1878, a putative enoyl-CoA hydratase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4omr

タイトル

Crystal structure of Tfu_1878, a putative enoyl-CoA hydratase from Thermobifida fusca YX in complex with acetoacetyl-CoA

要素

Enoyl-CoA hydratase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / isomerase activity / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Langner, K.M. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Tfu_1878, a putative enoyl-CoA hydratase from Thermobifida fusca YX in complex with acetoacetyl-CoA
著者: Langner, K.M. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Handing, K.B. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics ...

履歴

登録	2014年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2021年8月4日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4omr.cif.gz	113.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4omr.ent.gz	93 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4omr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4omr_validation.pdf.gz	663.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4omr_full_validation.pdf.gz	665.9 KB	表示
XML形式データ	4omr_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	4omr_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jsb 4jvt
類似構造データ	4jvt-1 1k27-1 4pxy-2 4jqs-d 2hxz-d 6x3c-1 4pxy-1 1cb0-1 6aq4-d 3oze-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-028034

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.482, 106.482, 106.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-471- HOH
2	1	A-592- HOH

詳細

Full trimer is generated by crystallographic symmetry.

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase 分子量: 31994.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX / 遺伝子: Tfu_1878 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q47NQ8, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA 分子量: 851.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₈P₃S
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M Ammonium sulfate, 0.05 M BIS-TRIS, 30% v/v Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), equilibrated against reservoir of 1.5 M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 34535 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 2.186 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.85-1.88	7.3	1692	1.466	1	100
1.88-1.92	7.3	1731	1.464	1	100	0.883
1.92-1.95	7.3	1705	1.508	1	100	0.687
1.95-1.99	7.4	1682	1.502	1	100	0.556
1.99-2.04	7.3	1711	1.554	1	100	0.487
2.04-2.08	7.4	1754	1.629	1	100	0.389
2.08-2.14	7.4	1686	1.668	1	100	0.302
2.14-2.19	7.4	1718	1.7	1	100	0.26
2.19-2.26	7.4	1711	1.744	1	100	0.248
2.26-2.33	7.4	1707	1.824	1	100	0.202
2.33-2.41	7.4	1728	1.887	1	100	0.175
2.41-2.51	7.4	1711	1.962	1	100	0.155
2.51-2.62	7.4	1711	2.015	1	100	0.137
2.62-2.76	7.4	1728	2.077	1	100	0.113
2.76-2.94	7.4	1741	2.158	1	100	0.096
2.94-3.16	7.4	1723	2.36	1	100	0.08
3.16-3.48	7.4	1739	2.699	1	100	0.064
3.48-3.98	7.3	1754	3.025	1	100	0.052
3.98-5.02	7.2	1775	3.669	1	100	0.048
5.02-40	6.5	1828	6.021	1	99.2	0.061

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.1732 / WR_factor R_work: 0.1466 / FOM work R set: 0.8985 / SU B: 3.66 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0875 / SU R_free: 0.0881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	1737	5 %	RANDOM
R_work	0.1539	-	-	-
obs	0.1553	34441	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.22 Å² / B_iso mean: 31.316 Å² / B_iso min: 17.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1874	0	63	193	2130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.02	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.924	2.021	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.91	3.007	4578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.215	5	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.918	23.288	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.975	15	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.06	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.487	1.547	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.376	1.543	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.973	2.297	1320

LS精密化シェル

解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	105	-
R_work	0.234	2418	-
all	-	2523	-
obs	-	-	99.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5256	0.1697	0.1924	1.1617	1.1777	1.5756	0.0011	0.0212	0.1142	0.0667	0.0651	-0.065	-0.0896	0.0635	-0.0662	0.1639	-0.0083	0.0026	0.1029	-0.0406	0.1135	44.297	22.661	76.768
2	2.0265	-0.7217	-0.0391	2.0256	-0.0128	0.6535	-0.0007	0.0887	0.1646	0.0106	0.0515	-0.2744	-0.1333	0.1574	-0.0508	0.1319	-0.0286	0.0122	0.0652	-0.0446	0.1164	50.008	21.668	71.338
3	1.3593	-0.2235	0.9193	4.9042	-0.7546	3.6364	-0.1115	0.0423	0.3696	-0.4097	-0.1165	0.1376	-0.448	-0.2342	0.228	0.2212	0.0632	-0.0253	0.123	-0.0182	0.1855	34.325	24.82	64.653
4	0.4237	-0.1055	0.278	0.8454	0.4887	1.0469	0.0172	0.0374	0.0779	-0.0364	0.0065	0.0177	-0.1511	-0.0375	-0.0237	0.1305	0.0091	0.0136	0.0927	-0.0079	0.0982	42.107	10.84	61.719
5	1.6595	-0.2817	-0.1413	1.1717	0.2962	1.1054	-0.0081	-0.205	0.0531	0.0848	0.0258	-0.1374	-0.0234	0.0856	-0.0177	0.0816	0.0119	-0.0165	0.0333	-0.0033	0.0443	52.621	3.575	72.877
6	8.6945	0.2586	2.7512	2.3828	1.5388	8.7048	0.1091	-0.2819	0.6646	-0.1995	-0.0162	-0.5357	-0.2861	0.2439	-0.0928	0.1124	-0.014	0.0546	0.0913	0.0066	0.2874	71.671	3.402	61.641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	64 - 93
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	94 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	200 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	243 - 265

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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