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- PDB-4oi4: Protein complex of Clp1 bound to ATP and Mg2+ with Pcf11deltaN454... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oi4
タイトルProtein complex of Clp1 bound to ATP and Mg2+ with Pcf11deltaN454deltaC563 of S. cerevisiae
要素
  • Protein PCF11
  • mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1
キーワードTRANSCRIPTION / polynucleotide kinase / Clp1 / Pcf11 / cleavage factor Ia / 3'-end mRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / mRNA binding / RNA binding ...polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / mRNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Pfc11 Rna14/15 interacting domain / Subunit of cleavage factor IA Pcf11, C-terminal / : / : / Pcf11, Clp1-interaction domain / Pcf11, C-terminal domain / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal domain / Clp1, DNA binding domain / Protein PCF11-like ...: / Pfc11 Rna14/15 interacting domain / Subunit of cleavage factor IA Pcf11, C-terminal / : / : / Pcf11, Clp1-interaction domain / Pcf11, C-terminal domain / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal domain / Clp1, DNA binding domain / Protein PCF11-like / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1 / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain / Clp1, C-terminal domain superfamily / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain superfamily / Pre-mRNA cleavage complex II protein Clp1 / N-terminal beta-sandwich domain of polyadenylation factor / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1/Grc3 / mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein PCF11 / mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dikfidan, A. / Loll, B. / Zeymer, C. / Clausen, T. / Meinhart, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: RNA specificity and regulation of catalysis in the eukaryotic polynucleotide kinase clp1.
著者: Dikfidan, A. / Loll, B. / Zeymer, C. / Magler, I. / Clausen, T. / Meinhart, A.
履歴
登録2014年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1
C: mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1
B: Protein PCF11
D: Protein PCF11
U: Protein PCF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,43612
ポリマ－141,0965
非ポリマー1,3397
水4,450247
1
A: mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1
B: Protein PCF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7595
ポリマ－64,1352
非ポリマー6243
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
2
C: mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1
D: Protein PCF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8516
ポリマ－64,1352
非ポリマー7164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
3
U: Protein PCF11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8261
ポリマ－12,8261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.640, 95.770, 181.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 5分子 ACBDU

#1: タンパク質 mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1


分子量: 51309.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CLP1, YOR250C / プラスミド: pGEM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q08685, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase
#2: タンパク質 Protein PCF11 / protein 1 of CF I


分子量: 12825.654 Da / 分子数: 3
Fragment: Clp1 interaction domain (UNP residues 454-563, SEE REMARK 999)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PCF11, YDR228C, YD9934.13C / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P39081

-
非ポリマー , 4種, 254分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CHAIN U IS PART OF THE EXPRESSION TAG OF PCF11 THAT COULD NOT BE UNAMBIGUOUSLY ATTRIBUTED TO CHAIN B OR D.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% w/v PEG6000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 18% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 61757 / Num. obs: 61162 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 57.2 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 5.8 % / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NPI

2npi


解像度: 2.4→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.477 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22133 3061 5 %RANDOM
Rwork0.18698 ---
obs0.18873 58102 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7295 0 82 247 7624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227750
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.97710607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9475976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81724.816353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71151357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0451541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.22827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.25165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4661.54834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76427665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14433371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7754.52906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 219 -
Rwork0.238 4215 -
obs--99.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3182-0.65370.59783.5609-0.97156.22880.038-1.10440.24370.5638-0.2069-0.0706-0.1541-0.12510.1689-0.2067-0.05040.04690.1919-0.0708-0.143333.658627.041108.2115
22.72390.22960.65210.89290.11772.6184-0.0605-0.20350.4026-0.0153-0.07770.162-0.3285-0.28640.1382-0.24520.0354-0.0172-0.1363-0.0634-0.110339.296835.243384.9603
32.8456-0.08651.40092.988-0.57843.9022-0.2407-0.0520.80890.0944-0.0272-0.399-0.86840.55780.2679-0.0868-0.1385-0.0779-0.0554-0.04220.178864.293447.342289.2723
43.27631.18912.17881.01382.78348.26860.1107-0.1667-0.23070.0319-0.1821-0.13510.61710.37050.0715-0.31310.02060.0003-0.1217-0.0088-0.093457.53625.12986.2402
54.59770.080.43526.7052-0.24758.4411-0.38160.5439-0.1019-1.42670.32750.344-0.4024-0.15880.05410.6259-0.1231-0.0743-0.12960.0914-0.182140.132828.098526.3923
61.17860.2913-0.50462.98781.16393.9794-0.0840.12030.1819-0.5699-0.09170.401-0.3609-0.51440.1757-0.03620.0622-0.0974-0.16870.029-0.148631.818723.002249.5564
73.5252-0.4909-1.2243.7491.92493.2216-0.23450.305-0.4862-0.0728-0.28020.80441.0858-0.91040.51470.3037-0.20820.0426-0.025-0.0810.047125.8024-4.412747.6654
80.58351.43952.56087.75915.849211.2915-0.2796-0.0445-0.145-0.47540.3898-0.71990.60191.0614-0.1103-0.02120.10790.0558-0.17310.0337-0.13645.28357.97651.6725
977.4355-31.90743.702463.9195-10.067839.98511.05173.9813-1.7179-4.2393-0.68452.09141.67410.0773-0.36720.0819-0.14110.01490.2349-0.08820.115423.671812.713476.2931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2A103 - 342
3X-RAY DIFFRACTION3A343 - 445
4X-RAY DIFFRACTION4B475 - 499
5X-RAY DIFFRACTION5C19 - 102
6X-RAY DIFFRACTION6C103 - 342
7X-RAY DIFFRACTION7C343 - 445
8X-RAY DIFFRACTION8D476 - 499
9X-RAY DIFFRACTION9U451 - 458

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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