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- PDB-2r45: Crystal structure of Escherichia coli Glycerol-3-phosphate Dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r45
タイトルCrystal structure of Escherichia coli Glycerol-3-phosphate Dehydrogenase in complex with 2-phospho-d-glyceric acid
要素Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GlpD
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate dehydrogenase / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (FAD) complex / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (quinone) activity / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol catabolic process / anaerobic respiration / FAD binding / aerobic respiration / electron transfer activity / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature 2. / Alpha-glycerophosphate oxidase, cap domain / FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase / Alpha-glycerophosphate oxidase, C-terminal / Alpha-glycerophosphate oxidase, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of alpha-glycerophosphate oxidase / FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature 1. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature 2. / Alpha-glycerophosphate oxidase, cap domain / FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase / Alpha-glycerophosphate oxidase, C-terminal / Alpha-glycerophosphate oxidase, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of alpha-glycerophosphate oxidase / FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature 1. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix non-globular / 3-Layer(bba) Sandwich / Special / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCERIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / Chem-T3A / Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yeh, J.I. / Du, S. / Chinte, U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase, an essential monotopic membrane enzyme involved in respiration and metabolism
著者: Yeh, J.I. / Chinte, U. / Du, S.
履歴
登録2007年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase
B: Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,83641
ポリマ－113,6592
非ポリマー6,17739
水5,495305
1
A: Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,26122
ポリマ－56,8291
非ポリマー3,43221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,57519
ポリマ－56,8291
非ポリマー2,74518
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.744, 113.908, 193.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 495 / Label seq-ID: 5 - 495

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB

#1: タンパク質 Aerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 56829.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: glpD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13035, EC: 1.1.99.5
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 7種, 338分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-T3A / N-(TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL)-3-AMINOPROPANESULFONIC ACID / TAPS


分子量: 243.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO6S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-2PG / 2-PHOSPHOGLYCERIC ACID


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M di-Ammonium hydrogen phosphate, 0.1 M Taps, 12% w/v PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9803 Å
検出器日付: 2007年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9803 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 55038 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.383.60.50548640.94488.1
2.38-2.484.70.48453930.9597.8
2.48-2.595.80.42355260.97499.9
2.59-2.736.50.33755501.082100
2.73-2.96.80.24355180.995100
2.9-3.126.90.15955701.144100
3.12-3.446.90.10855731.206100
3.44-3.936.80.0856231.19100
3.93-4.956.80.06756101.07499.9
4.95-506.60.0558111.15199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.39 Å
Translation2.5 Å41.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.337 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 2754 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.194 54271 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.265 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7924 0 398 305 8627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0218340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7471.97211315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0745999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72422.792394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.924151400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1191578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2060.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2930.24307
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.25421
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2390.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3710.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3281.55153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14327967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.27233823
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9524.53348
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3929 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.480.5
MEDIUM THERMAL0.972
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 171 -
Rwork0.24 3122 -
all-3293 -
obs--85.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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