[日本語] English
万見
- PDB-4ofp: Crystal Structure of SYG-2 D3-D4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofp
タイトルCrystal Structure of SYG-2 D3-D4
要素Protein SYG-2
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Synaptogenesis / Protein Binding / N-linked Glycosylation / Membrane / Extracellular / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Nephrin family interactions / protein complex involved in cell adhesion / synaptic target recognition / collateral sprouting / protein localization to synapse / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / synaptic membrane / synapse organization / cell-cell adhesion ...Nephrin family interactions / protein complex involved in cell adhesion / synaptic target recognition / collateral sprouting / protein localization to synapse / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / synaptic membrane / synapse organization / cell-cell adhesion / cell-cell junction / cell-cell signaling / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...: / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptogenesis protein syg-2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ozkan, E. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Extracellular Architecture of the SYG-1/SYG-2 Adhesion Complex Instructs Synaptogenesis.
著者: Ozkan, E. / Chia, P.H. / Wang, R.R. / Goriatcheva, N. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Walz, T. / Shen, K. / Garcia, K.C.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein SYG-2
B: Protein SYG-2
C: Protein SYG-2
D: Protein SYG-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,16510
ポリマ－91,8384
非ポリマー1,3276
水00
1
A: Protein SYG-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6234
ポリマ－22,9591
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein SYG-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9591
ポリマ－22,9591
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein SYG-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1812
ポリマ－22,9591
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein SYG-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4023
ポリマ－22,9591
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.240, 121.240, 178.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
Protein SYG-2


分子量: 22959.475 Da / 分子数: 4 / 断片: D3-D4, UNP residues 231-430 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: C26G2.1, CELE_C26G2.1, syg-2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q9U3P2
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.9 M Diammonium tartrate, 0.1 M Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 27368 / Num. obs: 27351 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 106.06 Å2 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 13.15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Ice(modified)データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1492)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4OFK

4ofk


解像度: 3→46.315 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2834 1365 5 %Random
Rwork0.2418 ---
all0.2439 27291 --
obs0.2439 27288 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5948 0 84 0 6032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0558393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5692273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.10720.36541340.32212543X-RAY DIFFRACTION100
3.1072-3.23160.35651330.30932532X-RAY DIFFRACTION100
3.2316-3.37860.34231350.29192564X-RAY DIFFRACTION100
3.3786-3.55670.31621330.27082538X-RAY DIFFRACTION100
3.5567-3.77940.32351360.26412566X-RAY DIFFRACTION100
3.7794-4.07110.29971350.24472576X-RAY DIFFRACTION100
4.0711-4.48050.24911350.20752573X-RAY DIFFRACTION100
4.4805-5.12810.23491380.19762604X-RAY DIFFRACTION100
5.1281-6.4580.28351380.2512636X-RAY DIFFRACTION100
6.458-46.32090.27881480.24022791X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1529-1.2247-0.51555.90773.09362.29750.1108-0.027-1.41880.88180.4891-1.31660.75160.82510.4457-0.02920.35920.53191.29420.35081.001712.14498.105741.5028
26.59080.6666-1.7392.69042.4063.6977-0.1235-0.17390.48530.90690.1667-0.0995-0.33730.0307-0.12470.77490.0914-0.11920.84430.13430.69944.215423.78256.8244
34.2101-2.13991.24384.0647-1.86834.21140.61280.7351.3631-0.8346-0.20840.2213-0.40160.1095-0.32770.7321-0.010.1571.65240.68561.51289.037537.488416.3897
41.98430.62540.16434.68560.43563.3607-0.40952.5550.9854-0.48750.71790.2337-1.1357-1.16210.76041.33880.485-0.05243.06941.27081.6797-10.194241.3723-6.413
50.2179-0.94960.84045.9961-2.67993.85950.94112.03250.7793-1.4647-0.8134-0.1611-1.137-0.76141.29481.53610.6277-0.15533.49091.86771.7236-9.196445.1105-5.032
60.5626-1.06620.84341.6592-1.73175.98010.18350.79311.50220.009-0.25070.1577-0.67420.1474-0.07210.58480.04820.00941.14810.72241.3994-13.251235.121424.8835
72.6778-1.49271.71221.708-0.49098.5246-0.01480.12980.386-0.10890.13780.64530.2376-0.0944-0.24240.4454-0.0391-0.0120.87060.4571.2985-12.806229.883733.9134
83.11231.54630.89594.429-1.29465.41540.40342.3659-0.5509-0.92690.19210.88151.6294-0.787-0.97251.29240.0454-0.21562.6952-0.081.4633-22.440417.6514-5.5245
9-0.0080.0350.02820.04150.02060.00970.57180.3522-1.3418-0.2424-0.1217-0.56691.0691-0.5269-0.13721.29320.126-0.71723.0892-0.06151.5545-12.08610.892-1.6321
103.5707-1.74371.69264.84741.46582.76880.94941.0486-0.2561-0.923-0.9457-0.56510.3179-0.21280.04730.95260.21310.12671.78970.50471.116517.452518.209414.5697
111.8174-0.4529-1.00313.81291.82213.80570.4651-0.0698-0.9276-0.40470.3373-1.63961.11420.8199-0.39651.05310.3833-0.04821.59240.12261.77617.10881.66732.9323
129.916-0.83691.73914.8965-0.3314.1662-0.09411.33020.6716-0.5742-0.3812-0.01760.44190.40880.50510.54930.10270.0910.91120.19160.548-18.969215.098420.7325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 230 through 259 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 260 through 321 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 322 through 429 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 234 through 281 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 282 through 311 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 312 through 374 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 375 through 430 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 234 through 296 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 297 through 334 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 335 through 429 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 230 through 321 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 322 through 429 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る