PDB-4oen: Crystal structure of the second substrate binding domain of a put...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oen

タイトル

Crystal structure of the second substrate binding domain of a putative amino acid ABC transporter from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A

要素

Second substrate binding domain of putative amino acid ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES (CSGID) / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / ALPHA AND BETA PROTEIN / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN TYPE II FOLD / SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF PUTATIVE AMINO ACID ABC TRANSPORTER SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the second substrate binding domain of a putative amino acid ABC transporter from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A
著者: Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2014年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oen.cif.gz	200.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oen.ent.gz	158.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oen_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oen_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	4oen_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	4oen_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/4oen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/4oen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wdnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4odl-2 4l9e-1 3d8s-d 5wv4-d 1f2k-d 1p5t-d 3e97-d 5m9n-2 6wup-d 5kpf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91947

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Second substrate binding domain of putative amino acid ABC transporter

B: Second substrate binding domain of putative amino acid ABC transporter

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Second substrate binding domain of putative amino acid ABC transporter

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Second substrate binding domain of putative amino acid ABC transporter

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.432, 109.606, 57.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Second substrate binding domain of putative amino acid ABC transporter 分子量: 23896.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: Canada MDR_19A / 遺伝子: SpneCM_010100001889 / プラスミド: P15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2UQ91*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH4.6, 2% Hexandiol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 58402 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 10.85
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / R_sym value: 0.65 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1538)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WDN

1wdn

解像度: 1.65→27.401 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1961	2954	5.06 %	random
R_work	0.1608	-	-	-
obs	0.1626	58367	98.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.401 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3340	0	42	788	4170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3489
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	4723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.843	1287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6498-1.6768	0.2508	139	0.2224	2463	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6768-1.7058	0.2433	128	0.2241	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7058-1.7368	0.2419	124	0.2096	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7368-1.7702	0.2134	163	0.2019	2646	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7702-1.8063	0.2548	134	0.1909	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8063-1.8456	0.2189	140	0.1795	2612	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8456-1.8885	0.2131	148	0.1674	2601	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8885-1.9357	0.2357	142	0.1834	2608	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9357-1.988	0.1833	128	0.164	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
1.988-2.0465	0.2087	137	0.1657	2602	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0465-2.1125	0.2022	147	0.16	2606	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1125-2.188	0.2079	140	0.1625	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.188-2.2756	0.2027	135	0.1785	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2756-2.3791	0.1819	121	0.1563	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3791-2.5044	0.1969	158	0.1627	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5044-2.6612	0.2346	136	0.1695	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6612-2.8665	0.2072	143	0.1688	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8665-3.1546	0.1933	149	0.1608	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1546-3.6102	0.186	135	0.1391	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6102-4.5451	0.1517	157	0.1301	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5451-27.4053	0.1887	150	0.1586	2714	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0383	-0.0533	0.3441	3.7172	-0.3096	4.0554	-0.0371	-0.1024	0.1004	0.1216	-0.0343	-0.144	-0.0295	0.2674	0.0471	0.0683	-0.0307	-0.0231	0.1595	-0.0171	0.1293	11.7178	-1.6084	23.6915
2	0.7895	0.6334	0.0066	3.2651	-0.0298	0.3875	-0.0034	-0.0098	0.0007	-0.0499	-0.0728	0.0408	0.0786	-0.0459	0.0765	0.1012	-0.0091	0.013	0.1433	-0.0215	0.102	-1.0633	-21.7558	19.0688
3	1.5378	-0.9158	-0.6749	2.4886	1.1318	4.5204	0.0746	0.1521	0.1032	-0.4081	0.0073	-0.0118	-0.2752	0.0105	-0.0754	0.1313	-0.0441	-0.0215	0.172	0.0152	0.1732	7.0366	-0.6759	11.2655
4	3.1934	-0.3119	0.5404	2.2725	-0.5131	4.4261	-0.1551	-0.199	-0.2151	0.1742	0.1087	0.1503	0.142	-0.0731	0.0346	0.1098	0.0133	0.0475	0.1186	0.0255	0.1252	-10.4272	28.7554	15.6577
5	0.6481	0.191	0.0115	3.6203	0.2911	0.4918	-0.0476	-0.037	0.0014	-0.2677	0.0242	-0.0827	-0.0541	0.1201	0.0258	0.1225	-0.0006	0.0073	0.14	0.0236	0.1066	0.163	49.8573	11.5718
6	4.1404	-2.0386	1.5787	2.9905	-1.5854	6.1792	0.0452	0.2656	-0.2602	-0.4188	-0.0991	-0.1366	0.2842	0.1541	0.0328	0.0936	-0.038	0.0558	0.1239	-0.0131	0.148	-5.8241	28.4806	3.178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 266:333
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 334:456
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 457:487
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 266:333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resi 334:456
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resi 457:487

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