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- PDB-4oeh: X-ray Structure of Uridine Phosphorylase from Vibrio cholerae Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oeh
タイトルX-ray Structure of Uridine Phosphorylase from Vibrio cholerae Complexed with Uracil at 1.91 A Resolution
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / Nucleoside
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / URACIL / Uridine phosphorylase / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Prokofev, I.I. / Lashkov, A.A. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To Be Published / 年: 2016
タイトル: X-ray structures of uridine phosphorylase from Vibrio cholerae in complexes with uridine, thymidine, uracil, thymine, and phosphate anion: Substrate specificity of bacterial uridine phosphorylases.
著者: Prokofev, I.I. / Lashkov, A.A. / Balaev, T. / Seregina, A.S. / Mironov, C. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2014年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Other
改定 1.22017年1月11日Group: Database references
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation_author / diffrn_source / refine
Item: _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type / _refine.ls_R_factor_all / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,30928
ポリマ－162,6546
非ポリマー1,65522
水22,9691275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25540 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area46100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.255, 71.763, 89.321
Angle α, β, γ (deg.)69.140, 72.150, 85.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 27108.994 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: 569B / 遺伝子: udp, VC_1034 / プラスミド: pMZ21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Am201
参照: UniProt: Q9KT71, UniProt: Q9K4U1*PLUS, uridine phosphorylase

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非ポリマー , 7種, 1297分子

#2: 化合物
ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Magnesium chloride hexahydrate, TRIS hydrochloride, PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.907→79.6 Å / Num. all: 104334 / Num. obs: 99133 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.91-2.011.80.4091.927074150430.40992.8
2.01-2.131.80.2882.725029142860.28893.9
2.13-2.281.80.1944.124037135210.19494.3
2.28-2.461.80.1365.822831126500.13694.6
2.46-2.71.70.097820343116710.09794.8
2.7-3.021.80.06212.619221105860.06295.4
3.02-3.481.80.03919.61649693590.03995.6
3.48-4.271.80.027251424079200.02795.6
4.27-6.031.70.028241040159480.02893.2
6.03-44.2781.80.0233.4602833500.0295.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DNAデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H1T

1h1t


解像度: 1.91→44.278 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.1979 / WRfactor Rwork: 0.156 / FOM work R set: 0.8636 / SU B: 7.165 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.1768 / SU Rfree: 0.1541 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 5198 5 %RANDOM
Rwork0.1722 ---
obs0.1744 99133 94.37 %-
all-104331 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.43 Å2 / Biso mean: 23.226 Å2 / Biso min: 9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.81 Å20.52 Å2
2---0.19 Å20.99 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→44.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11258 0 109 1275 12642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01911776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1541.96315981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38451570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.35323.734466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41151978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1381582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218790
LS精密化 シェル解像度: 1.907→1.957 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 397 -
Rwork0.293 7111 -
all-7508 -
obs--91.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5264-0.04580.00080.1226-0.04410.4413-0.00670.03710.0586-0.01720.00730.0055-0.0687-0.0526-0.00070.04980.0131-0.01520.02680.0220.0355-10.40918.98-18.013
20.1850.0389-0.03040.4970.03220.44390.00370.0070.03480.0057-0.01840.0495-0.0621-0.1050.01470.02920.0244-0.00910.03480.00420.0463-19.53519.25.465
30.36270.0634-0.37840.58670.00230.5743-0.0017-0.0848-0.00320.0997-0.0220.00950.0220.07230.02360.0482-0.0023-0.00780.04050.00930.0111-4.4413.38727.605
40.4453-0.01840.40510.41810.09740.65240.0358-0.0712-0.04680.109-0.016-0.00710.1193-0.0028-0.01980.08150.0015-0.01250.04510.02760.02158.884-17.64920.19
50.19830.00440.12290.56330.0520.35550.00480.0055-0.02650.00450.0116-0.0480.0440.051-0.01630.01610.01130.00030.02040.00330.036819.163-18.089-9.187
60.6801-0.0651-0.36850.1036-0.05540.5096-0.01110.0855-0.0658-0.0346-0.02280.01310.0274-0.02830.03390.0321-0.0034-0.0080.0278-0.00370.01725.826-5.934-26.978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 253
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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