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- PDB-4odo: Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with FK506 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4odo
タイトルStructure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with FK506
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD
キーワードISOMERASE / CHAPERONE / FKBP domain / IF domain / peptidyl-prolyl isomerase / PPIase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein refolding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Quistgaard, E.M. / Low, C. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: BMC Biol. / 年: 2016
タイトル: Molecular insights into substrate recognition and catalytic mechanism of the chaperone and FKBP peptidyl-prolyl isomerase SlyD.
著者: Quistgaard, E.M. / Weininger, U. / Ural-Blimke, Y. / Modig, K. / Nordlund, P. / Akke, M. / Low, C.
履歴
登録2014年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,11815
ポリマ－52,2013
非ポリマー2,91712
水11,331629
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3136
ポリマ－17,4001
非ポリマー9125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4494
ポリマ－17,4001
非ポリマー1,0493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3565
ポリマ－17,4001
非ポリマー9564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.710, 50.210, 57.670
Angle α, β, γ (deg.)85.74, 68.92, 80.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD / TtSlyD


分子量: 17400.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TTHA0346 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLE7, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 6種, 641分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→27.81 Å / Num. all: 63368 / Num. obs: 63368 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.93 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 14.46
反射 シェル解像度: 1.599→1.64 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Rsym value: 0.568 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.599→27.81 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: PDB ENTRY 3LUO
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 1931 3.05 %
Rwork0.18 --
obs0.1808 63367 95.46 %
all-63367 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.599→27.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 198 629 4358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8995261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6631443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004694
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5992-1.63910.381170.30164016X-RAY DIFFRACTION87
1.6391-1.68350.33291370.28144330X-RAY DIFFRACTION94
1.6835-1.7330.29411330.24894325X-RAY DIFFRACTION94
1.733-1.78890.24031330.2224340X-RAY DIFFRACTION94
1.7889-1.85280.25871350.20594370X-RAY DIFFRACTION95
1.8528-1.9270.22621360.20334373X-RAY DIFFRACTION95
1.927-2.01470.23031350.19624394X-RAY DIFFRACTION96
2.0147-2.12090.22131290.18164481X-RAY DIFFRACTION97
2.1209-2.25370.26031350.18464442X-RAY DIFFRACTION97
2.2537-2.42760.21111450.18854483X-RAY DIFFRACTION97
2.4276-2.67170.23291500.19094468X-RAY DIFFRACTION98
2.6717-3.05790.20421420.18154506X-RAY DIFFRACTION97
3.0579-3.8510.16141530.15274459X-RAY DIFFRACTION97
3.851-27.81390.15941510.15374449X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5875-0.1726-0.6940.38790.12030.3252-0.05250.02380.00380.05880.02190.00440.03770.02330.02120.1535-0.0048-0.02240.13080.01690.13131.168749.372752.1009
20.14460.01750.32570.64360.13422.06270.07-0.07920.02610.01480.0174-0.01820.06480.0065-0.08810.1061-0.01270.00990.1448-0.00180.153446.250228.484914.7
3-0.15690.1122-0.22442.24552.70882.73240.1051-0.0849-0.0264-0.2718-0.5120.2694-0.4026-0.58640.26290.28730.0795-0.05370.3933-0.05940.243727.530646.657926.8359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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