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- PDB-4ocm: Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ocm
タイトルCrystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form Ib
要素
  • (26S proteasome regulatory subunit ...) x 2
  • Nb1
キーワードHYDROLASE / PROTEIN BINDING / 26S proteasome / isopeptidase activity / regulatory particle / lid / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


Metalloprotease DUBs / proteasome storage granule assembly / peroxisome fission / mitochondrial fission / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / metal-dependent deubiquitinase activity / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A ...Metalloprotease DUBs / proteasome storage granule assembly / peroxisome fission / mitochondrial fission / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / metal-dependent deubiquitinase activity / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteasome binding / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein deubiquitination / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / Neutrophil degranulation / proteasome complex / metallopeptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN11 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain ...Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN11 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 / 26S proteasome regulatory subunit RPN8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Pathare, G.R. / Bracher, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the proteasomal deubiquitylation module Rpn8-Rpn11.
著者: Pathare, G.R. / Nagy, I. / Sledz, P. / Anderson, D.J. / Zhou, H.J. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Forster, F. / Bracher, A. / Baumeister, W.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26S proteasome regulatory subunit RPN8
B: 26S proteasome regulatory subunit RPN11
C: Nb1
D: 26S proteasome regulatory subunit RPN8
E: 26S proteasome regulatory subunit RPN11
F: Nb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,6889
ポリマ－120,5186
非ポリマー1703
水3,531196
1
A: 26S proteasome regulatory subunit RPN8
B: 26S proteasome regulatory subunit RPN11
C: Nb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3254
ポリマ－60,2593
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 26S proteasome regulatory subunit RPN8
E: 26S proteasome regulatory subunit RPN11
F: Nb1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3645
ポリマ－60,2593
非ポリマー1052
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.401, 44.970, 200.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.400, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

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26S proteasome regulatory subunit ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN8


分子量: 20838.512 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-176 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: O5360, RPN8, YOR261C / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08723
#2: タンパク質 26S proteasome regulatory subunit RPN11 / Protein MPR1


分子量: 24566.283 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-220 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPR1, RPN11, YFR004W / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43588

-
抗体 , 1種, 2分子 CF

#3: 抗体 Nb1 / nanobody 1


分子量: 14854.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 Su

-
非ポリマー , 3種, 199分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細RPN8 AND RPN11 WERE EXPRESSED AS A FUSION PROTEIN CONNECTED BY A GSGGSGGSG LINKER. THEY HAVE BEEN ...RPN8 AND RPN11 WERE EXPRESSED AS A FUSION PROTEIN CONNECTED BY A GSGGSGGSG LINKER. THEY HAVE BEEN REPRESENTED AS TWO CHAINS BECAUSE THE LINKER IS DISORDERED AND IT IS UNCERTAIN WHETHER IT HAS BEEN CLEAVED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM MES, pH 6.0, 200 mM calcium acetate, 22% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→197.898 Å / Num. all: 74800 / Num. obs: 74800 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): -100 / Observed criterion σ(I): -100 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 32.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.99-2.13.20.61.33186998160.688
2.1-2.223.10.4371.732727104000.43798.2
2.22-2.383.40.3252.23325598730.32599
2.38-2.573.30.2382.93080192240.23899.1
2.57-2.813.20.1644.12704384740.16498.5
2.81-3.153.30.0937.42564976750.09399
3.15-3.633.10.05611.92044566420.05696.7
3.63-4.453.20.03914.71810956990.03997.8
4.45-6.2930.03514.61339644450.03597.2
6.29-44.9730.0316.4771725520.0397.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.97 Å
Translation3 Å44.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4OCL

4ocl


解像度: 1.99→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2556 / WRfactor Rwork: 0.2075 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7657 / SU B: 11.894 / SU ML: 0.144 / SU R Cruickshank DPI: 0.1898 / SU Rfree: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 3757 5 %RANDOM
Rwork0.2158 ---
all0.2181 74685 --
obs0.2181 74685 96.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.7 Å2 / Biso mean: 40.609 Å2 / Biso min: 11.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å20 Å20.06 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7299 0 3 196 7498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0227476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9331.94210134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4865936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14424.316329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.697151251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8961534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.21146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5091.54669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61327494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.32932807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4644.52640
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 242 -
Rwork0.369 4219 -
all-4461 -
obs--78.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27120.78810.72322.64610.61062.8997-0.0403-0.00090.2647-0.10720.0036-0.0584-0.23510.18350.03670.2383-0.018-0.01070.20660.050.1459.7837.83477.894
22.1290.1630.53962.85920.50361.71410.03090.1952-0.1516-0.3106-0.04380.05760.1148-0.020.01290.2660.01170.00640.19030.04560.1267-5.624-9.2162.575
34.1804-0.1543-2.33121.72850.07884.22380.035-0.08970.21360.11530.04860.0327-0.1264-0.0861-0.08360.1970.0253-0.02470.235-0.01990.0976-25.5532.51882.759
43.361-0.59160.90622.6809-0.45293.138-0.05320.03290.26740.08870.0270.0908-0.2246-0.18160.02620.0540.02750.00040.0845-0.02230.1818-56.48313.1120.649
52.3592-0.23280.51913.6309-0.90322.46190.0436-0.1711-0.25560.408-0.0323-0.00410.19750.0177-0.01130.1123-0.0130.00290.0823-0.01520.1431-40.772-5.83535.725
64.41620.1371-2.23551.6358-0.23544.5526-0.02630.0840.1687-0.06970.0721-0.038-0.12470.1241-0.04590.011-0.0239-0.00780.12120.02570.1226-20.7587.42716.32
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 177
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 523
3X-RAY DIFFRACTION2B23 - 217
4X-RAY DIFFRACTION2B401
5X-RAY DIFFRACTION2B501 - 531
6X-RAY DIFFRACTION3C3 - 127
7X-RAY DIFFRACTION3C501 - 523
8X-RAY DIFFRACTION4D5 - 176
9X-RAY DIFFRACTION4D301
10X-RAY DIFFRACTION4D501 - 533
11X-RAY DIFFRACTION5E23 - 218
12X-RAY DIFFRACTION5E401
13X-RAY DIFFRACTION5E501 - 543
14X-RAY DIFFRACTION6F3 - 127
15X-RAY DIFFRACTION6F501 - 543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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