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- PDB-4ocb: Z-DNA dodecamer d(CGCGCGCGCGCG)2 at 0.75 A resolution solved by P-SAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ocb
タイトルZ-DNA dodecamer d(CGCGCGCGCGCG)2 at 0.75 A resolution solved by P-SAD
要素d(CGCGCGCGCGCG)2 duplex
キーワードDNA / Z-DNA dodecamer duplex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.75 Å
データ登録者Luo, Z. / Dauter, M. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Phosphates in the Z-DNA dodecamer are flexible, but their P-SAD signal is sufficient for structure solution
著者: Luo, Z. / Dauter, M. / Dauter, Z.
履歴
登録2014年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: d(CGCGCGCGCGCG)2 duplex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6651
ポリマ－3,6651
非ポリマー00
水1,44180
1
A: d(CGCGCGCGCGCG)2 duplex

A: d(CGCGCGCGCGCG)2 duplex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3312
ポリマ－7,3312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1270 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.484, 19.546, 31.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 d(CGCGCGCGCGCG)2 duplex


分子量: 3665.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2:1 mixture of 1.66 mM DNA solution with the following solution: 40mM Na cacodylate pH 7.0, 12 mM spermine tetrachloride, 80 mM NaCl, 10% (v/v) MPD. The well solution contained 35% MPD., ...詳細: 2:1 mixture of 1.66 mM DNA solution with the following solution: 40mM Na cacodylate pH 7.0, 12 mM spermine tetrachloride, 80 mM NaCl, 10% (v/v) MPD. The well solution contained 35% MPD., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.75→30 Å / Num. all: 32210 / Num. obs: 32210 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 6.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 84.7
反射 シェル解像度: 0.75→0.76 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1525 / Rsym value: 0.734 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
NE-CATデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.75→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Parkinson
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.134 1601 Random
Rwork0.122 --
all0.122 32194 -
obs0.122 32194 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 243 0 80 323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.029

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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