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万見
- PDB-4o99: Crystal structure of Beta-ketothiolase (PhaA) from Ralstonia eutr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o99
タイトルCrystal structure of Beta-ketothiolase (PhaA) from Ralstonia eutropha H16
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetoacetyl-coa transferase / PHB biosynthesis / Acyltransferase Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Kim, E.J. / Kim, J. / Kim, S. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and biochemical characterization of PhaA from Ralstonia eutropha, a polyhydroxyalkanoate-producing bacterium.
著者: Kim, E.J. / Kim, K.J.
履歴
登録2014年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,0356
ポリマ－161,8514
非ポリマー1842
水18,1231006
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14180 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area50500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.377, 105.474, 106.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetoacetyl-CoA thiolase


分子量: 40462.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: H16 / 遺伝子: H16_A1438, phaA, phbA / プラスミド: pPROEXHTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P14611, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG MME 2K, Tris-HCl, 0.2M Trimethylamine N-oxide dihydrate, pH 8.5, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: ADSC Quantum 270r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日 / 詳細: Rh coated Torroidal Mirror
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→30.62 Å / Num. obs: 98053

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DLU

1dlu


解像度: 1.96→30.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.507 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 4901 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 98053 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.48 Å2 / Biso mean: 22.6782 Å2 / Biso min: 10.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→30.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11307 0 12 1006 12325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01911477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8171.97115520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.888326368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24951564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.48725.248404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.693151952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0441556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02113200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6971.9876268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6961.9876267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3742.977828
LS精密化 シェル解像度: 1.964→2.014 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 369 -
Rwork0.195 6926 -
all-7295 -
obs--95.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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