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万見
- PDB-4o90: Crystal structure of chorismate synthase from Acinetobacter bauma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o90
タイトルCrystal structure of chorismate synthase from Acinetobacter baumannii at 2.6A resolution
要素Chorismate synthase
キーワードLYASE / synthesis of chorismate
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate synthase / chorismate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / Chorismate synthase / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / Chorismate synthase / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Chorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Chaudhary, A. / Singh, N. / Shukla, P.K. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of chorismate synthase from Acinetobacter baumannii at 2.6A resolution
著者: Chaudhary, A. / Singh, N. / Shukla, P.K. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2013年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase
B: Chorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5876
ポリマ－78,1022
非ポリマー4844
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.739, 73.192, 90.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Chorismate synthase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase


分子量: 39051.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: ATCC 19606 / 遺伝子: aroC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C7F3, chorismate synthase
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50mM Tris-HCl, 0.2M MgCl2, 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→32.37 Å / Num. all: 22516 / Num. obs: 21001 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 55.6 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LJ2

4lj2


解像度: 2.61→32.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2664768.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1015 4.8 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.267 22917 --
obs0.243 21001 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.0621 Å2 / ksol: 0.267843 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.86 Å20 Å20 Å2
2--4.49 Å20 Å2
3---7.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a--0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→32.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4400 0 32 168 4600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.27
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.412.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 157 4.6 %
Rwork0.271 3269 -
obs--92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4tla.paramtla.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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