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- PDB-1r52: Crystal structure of the bifunctional chorismate synthase from Sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r52
タイトルCrystal structure of the bifunctional chorismate synthase from Saccharomyces cerevisiae
要素Chorismate synthase
キーワードLYASE / two layers alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADPH) / chorismate synthase / chorismate synthase activity / FMN reductase (NADPH) activity / riboflavin reductase (NADPH) activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / FMN binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / Chorismate synthase / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / Chorismate synthase / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chorismate synthase ARO2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Quevillon-Cheruel, S. / Leulliot, N. / Meyer, P. / Graille, M. / Bremang, M. / Blondeau, K. / Sorel, I. / Poupon, A. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the bifunctional chorismate synthase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Quevillon-Cheruel, S. / Leulliot, N. / Meyer, P. / Graille, M. / Bremang, M. / Blondeau, K. / Sorel, I. / Poupon, A. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2003年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate synthase
B: Chorismate synthase
C: Chorismate synthase
D: Chorismate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,8854
ポリマ－166,8854
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16420 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area39850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.816, 75.599, 91.327
Angle α, β, γ (deg.)114.44, 108.43, 89.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 370 / Label seq-ID: 1 - 370

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細the biological assembly is the tetramer present in the asymetric unit

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要素

#1: タンパク質
Chorismate synthase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase


分子量: 41721.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YGL148w / プラスミド: pET9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P28777, chorismate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Na-citrate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13 mg/mlprotein1drop
20.7 Msodium cirtate1reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→30 Å / Num. obs: 110781 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 21.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 26514 / Num. measured all: 110781
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 9.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.136 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22387 1344 5.1 %RANDOM
Rwork0.18792 ---
all0.18981 ---
obs0.18981 25170 89.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.42 Å20.91 Å2
2---0.39 Å20.95 Å2
3---1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8538 0 0 98 8636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.96211460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85318315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.11451108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021588
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.29968
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.25063
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0480.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0340.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9771.55580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85228960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75432904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1074.52500
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4004 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.070.5
2Bmedium positional0.090.5
3Cmedium positional0.080.5
4Dmedium positional0.090.5
1Amedium thermal0.242
2Bmedium thermal0.262
3Cmedium thermal0.252
4Dmedium thermal0.252
LS精密化 シェル解像度: 2.888→2.962 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.292 65
Rwork0.242 1155
精密化
*PLUS
最低解像度: 29.7 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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