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- PDB-4o8i: 1.45A resolution structure of PEG 400 Bound Cyclophilin D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o8i
タイトル1.45A resolution structure of PEG 400 Bound Cyclophilin D
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / necroptotic process / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lovell, S. / Valasani, K.R. / Battaile, K.P. / Wang, C. / Yan, S.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: High-resolution crystal structures of two crystal forms of human cyclophilin D in complex with PEG 400 molecules.
著者: Valasani, K.R. / Carlson, E.A. / Battaile, K.P. / Bisson, A. / Wang, C. / Lovell, S. / ShiDu Yan, S.
履歴
登録2013年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9772
ポリマ－17,7391
非ポリマー2381
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.564, 57.011, 57.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F


分子量: 17739.205 Da / 分子数: 1 / 変異: K133I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 100 mM Tris, 200 mM MgCl2, 20% (v/v) PEG 400, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→40.56 Å / Num. all: 24241 / Num. obs: 24241 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 12.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.45-1.476.50.0111.976431178100
1004

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.21 Å32.6 Å
Translation5.21 Å32.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.4_1488精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
JDirectorデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BIT

2bit


解像度: 1.45→33.115 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1898 1231 5.11 %RANDOM
Rwork0.1599 ---
obs0.1614 24089 99.43 %-
all-24089 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.03 Å2 / Biso mean: 18.7705 Å2 / Biso min: 6.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1221 0 10 133 1364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9091726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.54461
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.50810.27891420.23812421256396
1.5081-1.57670.25911440.21452465260999
1.5767-1.65980.23071360.192225092645100
1.6598-1.76380.25081320.186425462678100
1.7638-1.90.23021520.161724972649100
1.9-2.09120.1721260.145825412667100
2.0912-2.39370.16521240.141325832707100
2.3937-3.01550.17721410.150425852726100
3.0155-33.12320.1621340.150927112845100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4906-0.29360.0861.10170.55020.3942-0.09020.14250.1027-0.7770.2171-0.1685-0.22060.05780.29160.2284-0.0475-0.0170.10650.04070.1333-8.508715.9153-20.5473
20.2820.1019-0.01551.37280.3290.0972-0.09420.13050.1549-0.32490.2057-0.53-0.11370.11960.0930.0258-0.02460.06910.1241-0.06290.17341.61196.3678-15.6183
30.1520.10220.09190.19470.0390.0512-0.1082-0.06690.052-0.1450.12640.06640.05410.0650.02220.1434-0.00650.01120.1328-0.02470.1143-13.27386.3289-17.0913
40.05340.0134-0.01770.13990.0354-0.004-0.01270.0973-0.1722-0.05290.0743-0.00110.0666-0.00130.00140.09820.00310.01370.1192-0.02660.1438-8.6825-3.418-17.855
50.5931-0.2606-0.0820.25950.21810.2289-0.133-0.13920.03530.32250.155-0.07710.06850.004-0.00220.14620.03130.00380.1231-0.01310.0927-7.09696.9173-6.2838
60.1375-0.0063-0.03570.06710.00320.00320.0031-0.02690.1352-0.0488-0.09240.1294-0.10630.0874-0.00270.09980.004-0.03750.1039-0.00070.167-21.351414.2972-14.2942
70.1392-0.0677-0.03931.16220.12180.00750.00010.11280.042-0.78980.0785-0.0744-0.062-0.01320.08690.3282-0.05910.00140.14710.00350.118-8.326312.7661-23.8763
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 24 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 41 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 64 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 65 through 84 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 85 through 135 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 136 through 155 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 165 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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