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- PDB-4o8b: Crystal structure of transcriptional regulator BswR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o8b
タイトルCrystal structure of transcriptional regulator BswR
要素Uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HTH motif / transcriptional activator / promoter DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single-species biofilm formation / negative regulation of cell motility / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH cro/C1-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ye, F.Z. / Wang, C. / Kumar, V. / Zhang, L.H. / Gao, Y.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2014
タイトル: BswR controls bacterial motility and biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa through modulation of the small RNA rsmZ.
著者: Wang, C. / Ye, F. / Kumar, V. / Gao, Y.G. / Zhang, L.H.
履歴
登録2013年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1131
ポリマ-14,1131
非ポリマー00
90150
1
A: Uncharacterized protein

A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2262
ポリマ-28,2262
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2880 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.965, 43.915, 35.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / BswR


分子量: 14113.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / : PAO1 / 遺伝子: PA2780 / プラスミド: pET26M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I063
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月21日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 3818 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1870 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
BALBES位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LFP
解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.286 207 Random
Rwork0.229 --
obs0.229 3818 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.61 Å20 Å2-3.795 Å2
2---6.466 Å20 Å2
3----8.144 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数803 0 0 50 853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0045
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.044
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.741
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.779

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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