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万見
- PDB-4o54: Crystal Structure of Trichomonas vaginalis Triosephosphate Isomer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o54
タイトルCrystal Structure of Trichomonas vaginalis Triosephosphate Isomerase Ile45-Phe mutant (Tvag_497370)
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lara-Gonzalez, S. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Engineering mutants with altered dimer-monomer equilibrium reveal the existence of stable monomeric Triosephosphate isomerases
著者: Lara-Gonzalez, S. / Benitez-Cardoza, C.G. / Brieba, L.G.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6064
ポリマ－27,5371
非ポリマー693
水3,405189
1
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2118
ポリマ－55,0732
非ポリマー1386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545x,-y-1,-z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.829, 56.202, 105.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase


分子量: 27536.697 Da / 分子数: 1 / 変異: I45F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_497370 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star rossetaII / 参照: UniProt: A2EGX9, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Sodium cacodylate, 18% PEG 8000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.829 Å / Num. all: 21301 / Num. obs: 21301 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-25.30.272.81460627810.2789.9
2-2.1210.40.1973.92959828500.19792.7
2.12-2.2710.90.1375.62972227380.13794
2.27-2.4510.90.1037.32779625600.10394.6
2.45-2.6910.80.07410.12588923940.07495.5
2.69-310.80.0514.72350821800.0596.2
3-3.4710.70.03519.92110519710.03597
3.47-4.2510.60.0321.31798116960.0397.6
4.25-6.0110.30.02721.91384213500.02798.5
6.01-46.8299.80.02127.376217810.02197

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.87 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.83 Å
Translation2.5 Å42.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIXdev_1396精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→46.829 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2148 1491 7 %random
Rwork0.1654 ---
obs0.1689 21287 94.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 49.4 Å2 / Biso mean: 21.2225 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 3 189 2078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.389696
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9640.22471260.18331685181189
1.964-2.03420.25481300.1691714184491
2.0342-2.11560.20861290.15331716184593
2.1156-2.21190.23171340.15291768190293
2.2119-2.32850.20971320.1531764189694
2.3285-2.47440.18341350.16421790192594
2.4744-2.66540.23661360.17411802193895
2.6654-2.93360.23621380.17831836197495
2.9336-3.3580.21411380.17991841197996
3.358-4.23030.18731420.15911881202397
4.2303-46.84360.22341510.15891999215097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25140.10050.0190.135-0.09940.15490.0284-0.26660.38480.1786-0.20870.4074-0.2188-0.1852-0.00050.16470.0051-0.00140.1486-0.05280.1635-13.8746-10.474721.575
21.09350.1476-0.29771.0358-0.30531.3-0.02360.0054-0.1063-0.1489-0.02360.20760.1571-0.24860.00040.17090.0032-0.03640.211-0.04870.1844-21.2262-24.514912.6799
30.14240.15910.01340.17740.03780.0641-0.2030.23080.2133-0.260.2171-0.1962-0.3199-0.0397-0.0050.25950.02560.00750.1802-0.04870.2102-10.1861-20.6313-5.4225
40.57220.57590.31571.8676-0.28111.35790.0550.2850.086-0.3573-0.1599-0.3498-0.04650.1391-0.00430.25550.05030.00260.209-0.02140.1689-6.5023-17.61354.441
50.687-0.08870.19420.03610.02110.46410.15130.41940.6852-0.1421-0.1985-0.22050.06840.2812-0.00080.1358-0.00250.00870.2290.0240.30428.1353-17.992818.0429
61.3143-0.51340.61171.01730.52830.7918-0.08280.17080.1589-0.1061-0.0721-0.3762-0.08230.0782-0.00140.1354-0.01830.00540.14820.02510.1557-1.2162-14.747716.0283
71.49620.43410.1060.55450.8581.495-0.0826-0.0527-0.00130.00280.0349-0.2531-0.11660.1561-0.00030.11570.0017-0.02140.1366-0.0020.147-4.0059-10.999522.0418
80.762-0.21-0.06220.1008-0.25391.24820.0228-0.1123-0.10970.0342-0.16370.04790.134-0.122600.1344-0.0008-0.00880.1617-0.03780.144-13.6117-19.00325.399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:7)A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 8:64)A8 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 65:83)A65 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 84:123)A84 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 124:145)A124 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 146:182)A146 - 182
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 183:219)A183 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 220:252)A220 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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