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万見
- PDB-4o4d: Crystal Structure of an Inositol hexakisphosphate kinase EhIP6KA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o4d
タイトルCrystal Structure of an Inositol hexakisphosphate kinase EhIP6KA in complexed with ATP and Ins(1,4,5)P3
要素Inositol hexakisphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / PDGK Kinase / Inositol Phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol hexakisphosphate kinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase superfamily / Inositol polyphosphate kinase / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, H. / Shears, S.B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: IP6K structure and the molecular determinants of catalytic specificity in an inositol phosphate kinase family.
著者: Wang, H. / DeRose, E.F. / London, R.E. / Shears, S.B.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol hexakisphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4957
ポリマ－29,3651
非ポリマー1,1306
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.738, 102.738, 111.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

PO4

21A-659-

HOH

31A-685-

HOH

41A-689-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inositol hexakisphosphate kinase


分子量: 29364.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-270 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI7A_103520 / プラスミド: pDest566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArcticExpress (DE3) / 参照: UniProt: N9UNA8, inositol-hexakisphosphate 5-kinase

-
非ポリマー , 6種, 195分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.4 M NaH2PO4 in the presence of 10 mM ATP,5 mM IP3, 20 mM MgCl2. The crystals were further soaked under 22% (w/v) PEG 3350, 10 mM MgCl2, 10 mM ATP, 0.1 M sodium acetate, pH 5.2, 10 mM IP3 ...詳細: 0.4 M NaH2PO4 in the presence of 10 mM ATP,5 mM IP3, 20 mM MgCl2. The crystals were further soaked under 22% (w/v) PEG 3350, 10 mM MgCl2, 10 mM ATP, 0.1 M sodium acetate, pH 5.2, 10 mM IP3 for 3 days. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月3日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 17674 / Num. obs: 17674 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 875 / Rsym value: 0.551 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4O4C

4o4c


解像度: 2.1→44.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.1 / SU ML: 0.11 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 922 5.2 %RANDOM
Rwork0.1734 ---
all0.176 16743 --
obs0.176 16743 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.271 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å2-0 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2000 0 66 189 2255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.70522993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82734741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6555263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.49524.19105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.94515416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.31511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0822.8121002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0652.8081000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1524.1971263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1534.2011264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5413.2071201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.543.2081202
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8834.7231725
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.02224.1752671
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.93223.6362604
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 72 -
Rwork0.202 1198 -
obs--99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.4985 Å / Origin y: -1.0105 Å / Origin z: 12.8978 Å
111213212223313233
T0.0656 Å20.0074 Å20.0201 Å2-0.0202 Å20.0248 Å2--0.0343 Å2
L1.0829 °2-0.0932 °20.1358 °2-1.2629 °2-0.2042 °2--0.523 °2
S-0.0554 Å °0.0717 Å °0.0443 Å °-0.0428 Å °0.1088 Å °0.1512 Å °-0.0917 Å °-0.0148 Å °-0.0534 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 270
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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