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万見
- PDB-5lru: Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lru
タイトルStructure of Cezanne/OTUD7B OTU domain
要素OTU domain-containing protein 7B
キーワードHYDROLASE / protease / deubiquitinase / OTU domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / mucosal immune response / protein K11-linked deubiquitination / positive regulation of TORC2 signaling / negative regulation of interleukin-8 production / protein K48-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / negative regulation of protein localization to nucleus / TNFR1-induced proapoptotic signaling / protein K63-linked deubiquitination ...protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / mucosal immune response / protein K11-linked deubiquitination / positive regulation of TORC2 signaling / negative regulation of interleukin-8 production / protein K48-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / negative regulation of protein localization to nucleus / TNFR1-induced proapoptotic signaling / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein deubiquitination / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of TORC1 signaling / cysteine-type peptidase activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / Ovarian tumor domain proteases / adaptive immune response / in utero embryonic development / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, A20-type / : / A20-like zinc finger / UBA-like domain / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
OTU domain-containing protein 7B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mevissen, T.E.T. / Kulathu, Y. / Mulder, M.P.C. / Geurink, P.P. / Maslen, S.L. / Gersch, M. / Elliott, P.R. / Burke, J.E. / van Tol, B.D.M. / Akutsu, M. ...Mevissen, T.E.T. / Kulathu, Y. / Mulder, M.P.C. / Geurink, P.P. / Maslen, S.L. / Gersch, M. / Elliott, P.R. / Burke, J.E. / van Tol, B.D.M. / Akutsu, M. / El Oualid, F. / Kawasaki, M. / Freund, S.M.V. / Ovaa, H. / Komander, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105192732 英国
European Research Council309756 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of Lys11-polyubiquitin specificity in the deubiquitinase Cezanne.
著者: Mevissen, T.E. / Kulathu, Y. / Mulder, M.P. / Geurink, P.P. / Maslen, S.L. / Gersch, M. / Elliott, P.R. / Burke, J.E. / van Tol, B.D. / Akutsu, M. / El Oualid, F. / Kawasaki, M. / Freund, S.M. ...著者: Mevissen, T.E. / Kulathu, Y. / Mulder, M.P. / Geurink, P.P. / Maslen, S.L. / Gersch, M. / Elliott, P.R. / Burke, J.E. / van Tol, B.D. / Akutsu, M. / El Oualid, F. / Kawasaki, M. / Freund, S.M. / Ovaa, H. / Komander, D.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OTU domain-containing protein 7B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3601
ポリマ－36,3601
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.349, 103.349, 90.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 OTU domain-containing protein 7B / Cellular zinc finger anti-NF-kappa-B protein / Zinc finger A20 domain-containing protein 1 / Zinc ...Cellular zinc finger anti-NF-kappa-B protein / Zinc finger A20 domain-containing protein 1 / Zinc finger protein Cezanne


分子量: 36360.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OTUD7B, ZA20D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GQQ9, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.1), 0.2 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→90.2 Å / Num. obs: 25409 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.829 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→73.079 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 1298 5.12 %
Rwork0.1984 --
obs0.1995 25351 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→73.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2137 0 0 90 2227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5932999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.763751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003379
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.28820.34491400.30012618X-RAY DIFFRACTION100
2.2882-2.39240.29891480.26012604X-RAY DIFFRACTION100
2.3924-2.51850.24161460.22632637X-RAY DIFFRACTION100
2.5185-2.67630.23371530.22492618X-RAY DIFFRACTION100
2.6763-2.8830.25881340.22512652X-RAY DIFFRACTION100
2.883-3.17310.25531360.21672664X-RAY DIFFRACTION100
3.1731-3.63220.22511610.20072661X-RAY DIFFRACTION100
3.6322-4.57610.19521350.17442732X-RAY DIFFRACTION100
4.5761-73.11910.1921450.18462867X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.589 Å / Origin y: 9.7271 Å / Origin z: -12.7548 Å
111213212223313233
T0.3299 Å2-0.008 Å2-0.0289 Å2-0.3335 Å2-0.0559 Å2--0.4045 Å2
L3.8436 °2-0.4639 °20.2344 °2-3.6972 °2-1.164 °2--3.767 °2
S0.0643 Å °0.2529 Å °-0.4918 Å °-0.231 Å °0.0345 Å °0.2673 Å °0.2337 Å °-0.1985 Å °-0.0637 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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