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- PDB-4o2c: An Nt-acetylated peptide complexed with HLA-B*3901 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o2c
タイトルAn Nt-acetylated peptide complexed with HLA-B*3901
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain
  • Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like
機能・相同性
機能・相同性情報


CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / RNA strand annealing activity / positive regulation of mitochondrial translation / gamete generation ...CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / RNA strand annealing activity / positive regulation of mitochondrial translation / gamete generation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / NLRP3 inflammasome complex / cellular response to arsenic-containing substance / poly(A) binding / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / gamma-tubulin binding / regulation of T cell anergy / P granule / cellular response to osmotic stress / regulation of interleukin-6 production / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / transcription factor binding / lipid homeostasis / cell leading edge / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / TAP binding / positive regulation of translational initiation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / ribosomal small subunit binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / detection of bacterium / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / DNA helicase activity / translation initiation factor binding / signaling adaptor activity / stress granule assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interferon-beta production / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / : / : / protein serine/threonine kinase activator activity / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cytosolic ribosome assembly / positive regulation of translation / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / chromosome segregation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / translational initiation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / defense response / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cell growth / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / response to virus / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / cellular response to virus / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / Wnt signaling pathway / mRNA 5'-UTR binding / specific granule lumen / RNA stem-loop binding
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DDX3X / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Sun, M. / Liu, J. / Qi, J. / Tefsen, B. / Shi, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014
タイトル: N alpha-terminal acetylation for T cell recognition: molecular basis of MHC class I-restricted n alpha-acetylpeptide presentation
著者: Sun, M. / Liu, J. / Qi, J. / Tefsen, B. / Shi, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4293
ポリマ－44,4293
非ポリマー00
水8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.845, 81.459, 110.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-39 alpha chain / MHC class I antigen B*39


分子量: 31714.873 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30475, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Peptide from ATP-dependent RNA helicase DDX3X / DEAD box protein 3 / X-chromosomal / DEAD box / X isoform / Helicase-like protein 2 / HLP2


分子量: 966.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00571
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 17% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月13日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 41844 / Num. obs: 41844 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.72 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BST

2bst


解像度: 1.802→30.559 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8914 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 17.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2015 2108 5.04 %Random
Rwork0.1745 ---
obs0.1759 41844 96.52 %-
all-41844 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.197 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 82.59 Å2 / Biso mean: 18.7783 Å2 / Biso min: 1.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8117 Å2-0 Å20 Å2
2---2.8194 Å2-0 Å2
3---4.6311 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→30.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3134 0 0 495 3629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7014369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9651169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.802-1.84390.22411250.17922322244787
1.8439-1.890.211490.17362507265692
1.89-1.94110.17741310.17362490262192
1.9411-1.99820.21891430.172560270395
1.9982-2.06270.23771410.16792605274696
2.0627-2.13640.21631470.17192618276597
2.1364-2.22190.24731180.16722673279197
2.2219-2.3230.20861390.17212665280498
2.323-2.44540.19781440.1772665280998
2.4454-2.59850.21271310.18052688281998
2.5985-2.79910.18071350.18172716285199
2.7991-3.08050.19491380.18222745288399
3.0805-3.52570.20431570.163527542911100
3.5257-4.43980.17061620.153227912953100
4.4398-30.56310.18561480.18512937308599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.3268 Å / Origin y: 9.0104 Å / Origin z: 18.62 Å
111213212223313233
T0.0195 Å20.0011 Å2-0.0068 Å2-0.0045 Å20.0005 Å2--0.0158 Å2
L0.5318 °20.0435 °2-0.1374 °2-0.2733 °2-0.003 °2--0.3764 °2
S0.0005 Å °0.0103 Å °-0.0503 Å °-0.019 Å °-0.009 Å °0.0083 Å °0.0028 Å °0.0142 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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