PDB-4o2a: Tubulin-BAL27862 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o2a

タイトル

Tubulin-BAL27862 complex

要素

Stathmin-4
TUBULIN-TYROSINE LIGASE
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain

キーワード

CELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / BAL27862 / CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Franck, D. / Bachmann, F. / Bargsten, K. / Buey, R.M. / Pohlmann, J. / Reinelt, S. / Lane, H. / Steinmetz, M.O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The Novel Microtubule-Destabilizing Drug BAL27862 Binds to the Colchicine Site of Tubulin with Distinct Effects on Microtubule Organization.
著者: Prota, A.E. / Danel, F. / Bachmann, F. / Bargsten, K. / Buey, R.M. / Pohlmann, J. / Reinelt, S. / Lane, H. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2013年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o2a.cif.gz	895.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o2a.ent.gz	737 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4o2a_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4o2a_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	4o2a_validation.xml.gz	80.1 KB	表示
CIF形式データ	4o2a_validation.cif.gz	107.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o2a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4o2bC 4i4tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xlz-d 6d88-d 5jcb-d 6s9e-d 6bs2-d 6y4m-d 6fii-d 4zi7-d 6hx8-d 6fjf-d 6lsn-d 6jcj-d 4i50-d 5xag-d 5jqg-d 5gon-d 5zxh-d 6ses-d 6gf3-d 7daf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: TUBULIN-TYROSINE LIGASE

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.530, 158.120, 179.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	TUBULIN-TYROSINE LIGASE 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 11種, 354分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#11: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#12: 化合物	ChemComp-2RR / 3-[(4-{1-[2-(4-aminophenyl)-2-oxoethyl]-1H-benzimidazol-2-yl}-1,2,5-oxadiazol-3-yl)amino]propanenitrile 分子量: 387.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇N₇O₂
#13: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#14: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#15: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.7 詳細: 6% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole , pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月23日
放射	モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR, SAGITTALLY - HORIZONTALLY FOCUSSED プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→59.4 Å / Num. obs: 103225 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 2.268 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 4I4T

4i4t

解像度: 2.5→59.36 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	5150	4.99 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.196	103200	99.7 %
all	-	103487	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→59.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17211	0	238	334	17783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	18147
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.737	24687
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.972	6825
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2694
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3201

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5285	0.3551	167	0.3295	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5285-2.5582	0.3886	183	0.3183	3168	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5582-2.5894	0.3482	165	0.2949	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6222	0.3385	165	0.2956	3200	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6222-2.6567	0.3397	166	0.2864	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6567-2.6931	0.3306	164	0.2778	3253	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6931-2.7315	0.3093	169	0.2673	3234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7315-2.7723	0.2996	195	0.2602	3181	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7723-2.8156	0.3032	179	0.2575	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.8618	0.2921	166	0.2523	3202	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8618-2.9111	0.3067	144	0.2519	3284	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9111-2.9641	0.2732	162	0.2428	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9641-3.0211	0.2526	160	0.2176	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0211-3.0827	0.2514	176	0.2145	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0827-3.1498	0.2856	158	0.2262	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1498-3.223	0.3237	158	0.2215	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.223-3.3036	0.2798	157	0.2079	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3036-3.393	0.2492	201	0.2045	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.4928	0.2339	182	0.1974	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4928-3.6055	0.2261	184	0.1942	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6055-3.7343	0.2183	166	0.1799	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7343-3.8838	0.2171	173	0.1677	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8838-4.0606	0.2057	163	0.1632	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0606-4.2746	0.1982	173	0.164	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2746-4.5423	0.1814	172	0.1515	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5423-4.8929	0.1738	185	0.1469	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8929-5.385	0.2076	182	0.1616	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
5.385-6.1635	0.217	171	0.1804	3374	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1635-7.7626	0.2205	183	0.1872	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7626-59.3751	0.1958	181	0.1837	3521	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0149	0.0081	0.0152	0.009	0.0137	0.0285	0.1254	0.0241	0.0892	-0.0176	0.0262	-0.0868	-0.1404	0.0707	0.0988	0.4664	-0.1535	0.1872	0.1684	-0.3315	0.0687	28.6234	98.9299	54.5988
2	0.012	-0.0157	-0.0124	0.0445	0.033	0.0502	0.0279	0.0248	0.0159	-0.1843	0.1234	-0.2074	-0.2329	0.2284	0.1204	0.2607	-0.106	0.206	0.1721	-0.4774	0.1643	34.4791	83.0303	48.53
3	0.021	0.0022	-0.0414	0.0867	-0.0776	0.146	0.0725	-0.0188	-0.0088	0.1353	0.0727	-0.072	-0.1587	0.1607	0.0718	0.2207	0.0017	0.0081	0.2608	-0.1507	0.3057	24.0492	80.8753	62.9179
4	0.0295	-0.0278	0.026	0.039	-0.0264	0.0477	0.1681	-0.0827	0.0777	0.0772	0.0033	0.0866	0.0003	-0.1252	0.0487	0.3938	0.0487	0.1544	0.3128	-0.1344	0.3388	9.0913	84.5506	71.6873
5	0.0185	-0.0176	-0.0136	0.0203	0.0195	0.0164	-0.0011	-0.0461	0.0612	0.0691	-0.0289	0.0771	-0.0287	-0.0301	-0.0287	0.5385	0.0706	0.1814	0.3617	-0.2293	0.2268	16.6383	90.3467	80.4947
6	0.0187	0.0147	-0.0112	0.0268	-0.0085	0.0209	0.0588	-0.0101	0.0929	0.1454	0.0506	0.1231	-0.0505	0.0356	0.0015	0.463	-0.0223	0.0395	0.3171	-0.0851	0.276	17.6557	89.7417	73.7423
7	0.0138	0.0091	0.0172	0.0321	0.0235	0.0615	0.1304	-0.0542	0.0322	0.055	0.0436	0.0618	0.0009	0.0588	0.0111	0.2426	0.0522	0.0531	0.2479	-0.1	0.2797	22.4306	69.5797	66.7995
8	0.0178	0.0048	0.0423	0.0278	-0.0125	0.108	-0.0485	0.1143	-0.1688	0.1063	0.0911	-0.0951	0.0275	0.1279	-0.0009	0.253	0.1419	-0.0396	0.2303	-0.1946	0.3124	31.1748	61.0325	62.98
9	0.2779	-0.1015	-0.054	0.1655	0.1222	0.4031	-0.0006	0.249	0.2662	-0.0468	-0.153	0.0722	-0.2237	-0.1556	-0.4974	0.2039	0.0438	0.0869	0.2019	-0.2531	0.285	17.3538	59.6037	26.1582
10	0.0403	-0.028	0.0322	0.0789	0.0245	0.102	-0.0532	-0.0966	-0.0051	0.1881	0.0045	0.1007	0.0847	-0.1198	0.0062	0.1356	0.0099	0.0339	0.2916	-0.1234	0.19	14.7061	50.0631	38.6037
11	0.0448	0.0158	0.0023	0.0301	-0.0272	0.0333	-0.0001	0.069	0.235	-0.0454	0.0517	0.0495	-0.2193	0.0177	0.017	0.1835	-0.039	0.0179	0.1407	0.002	0.1898	14.5706	42.6963	-13.0121
12	0.0377	0.0033	-0.0157	0.0245	-0.0015	0.0177	-0.0243	0.1488	0.0047	-0.2152	0.0627	-0.0189	-0.0693	0.0257	0.0577	-0.0864	-0.1753	0.0782	0.1431	-0.0362	0.1024	24.9139	30.8443	-14.496
13	0.0075	-0.0233	0.0103	0.0659	-0.0609	0.0616	-0.0786	0.0061	0.0109	-0.0601	-0.0675	0.0361	0.0239	0.0548	-0.1266	0.1479	-0.0301	-0.0204	0.1022	-0.0969	0.2106	20.4794	20.7719	-3.7727
14	0.0505	0.0455	-0.0686	0.1321	-0.0141	0.2931	0.0953	0.0033	0.1738	0.0721	-0.0383	0.0644	-0.0366	-0.3631	0.0955	0.0826	0.0178	0.0527	0.1595	-0.1038	0.1932	3.6417	28.8625	0.3348
15	0.0145	0.037	0.0138	0.0852	0.0242	0.0441	-0.0415	-0.1327	0.0725	-0.0162	-0.1036	0.1341	0.0676	-0.0998	-0.0373	0.1197	-0.0139	0.0249	0.1761	-0.0707	0.1778	1.1957	34.9947	8.7602
16	0.057	-0.0264	-0.0374	0.0639	0.0701	0.1125	-0.0817	-0.0017	0.0017	0.2215	0.012	-0.0271	0.17	0.084	-0.0101	0.1645	0.0003	-0.0135	0.1422	-0.05	0.1876	20.591	13.4497	2.3452
17	0.091	0.0051	-0.0017	0.0048	-0.0019	-0.0008	-0.0348	0.2068	0.1083	-0.0342	0.1225	0.0093	-0.0875	-0.134	0.0014	0.4485	-0.137	-0.0134	0.6248	0.0166	0.2067	15.0658	11.8702	-41.1057
18	0.0517	-0.0224	-0.0524	0.0394	0.0047	0.0497	-0.0899	0.3381	0.0523	-0.3098	0.0376	-0.1204	0.078	0.0217	-0.082	0.4887	-0.1467	0.1842	0.6999	-0.2265	0.2059	28.6621	2.9771	-43.3471
19	0.0513	-0.0308	-0.0141	0.0552	0.0109	0.0313	-0.0681	0.076	-0.0053	-0.1219	0.034	-0.0992	0.1617	-0.0175	-0.0372	0.3519	-0.1941	0.1028	0.3514	-0.3442	0.2225	21.9629	-8.2988	-32.5288
20	0.0009	-0.0023	-0.0027	0.0021	0.0054	0.0046	0.0378	0.0254	0.0347	-0.0129	0.0277	0.0233	0.0231	-0.0505	-0	0.5911	-0.1873	-0.1065	0.7072	-0.1263	0.3023	7.0338	-7.6446	-39.077
21	0.0064	0.0107	-0.0085	0.0079	-0.0087	0.0148	-0.0068	0.166	-0.0625	0.0071	0.0926	-0.02	0.071	0.0499	0.0007	0.22	0.0013	0.055	0.2145	-0.0791	0.2203	18.3118	6.7632	-23.3753
22	0.0023	-0.005	0.0045	0.0094	0.0018	0.005	-0.0252	0.0105	0.01	-0.0162	-0.0103	0.0761	0.0614	-0.0643	0.0215	0.3589	-0.132	0.0243	0.4023	-0.2582	0.2583	4.137	-5.8981	-23.8356
23	0.0067	0.0007	0.0031	0.0046	0.0068	0.0008	0.0054	0.0944	0.0059	0.0095	0.1016	0.0576	-0.0465	-0.0793	0	0.4011	0.0225	-0.0147	0.5678	0.0341	0.3598	1.7985	5.3646	-18.8359
24	0.0642	0.0918	0.0571	0.1226	0.0611	0.0621	-0.0131	0.2146	-0.1784	-0.0653	0.3007	-0.1496	0.1506	0.0708	0.2609	0.4159	-0.1083	0.1798	0.2474	-0.4374	0.2601	18.0872	-9.3495	-25.9508
25	0.0055	-0.003	0.0089	-0.0004	-0.0001	0.0067	0.0564	0.0526	-0.0762	0.0682	0.0287	-0.0412	0.0391	0.0749	-0	0.4247	0.033	0.0647	0.3048	-0.1536	0.3773	26.9986	-13.103	-17.3055
26	0.0192	-0.0118	0.0178	0.0025	0.0157	0.0196	0.0588	-0.0047	0.1027	0.1491	0.0286	0.0767	-0.0417	0.1489	0.0001	0.6044	-0.0702	0.004	0.3969	-0.1797	0.3417	27.9025	92.6292	81.4604
27	0.1758	-0.069	0.0306	0.0135	0.024	0.0033	-0.0197	-0.0904	0.028	-0.0148	0.0896	-0.0256	0.1139	0.1097	0.0841	0.1398	0.0662	0.2088	0.4225	-0.429	0.3321	43.0382	27.9396	3.7485
28	0.2501	0.1457	-0.2487	0.1272	-0.1129	0.2916	-0.344	-0.252	-0.5277	-0.1105	0.1075	-0.2296	0.4343	0.4297	-0.0636	0.4296	0.1391	0.0875	0.3651	0.1052	0.3169	9.7995	57.0331	91.0614
29	0.1092	0.032	-0.0137	0.015	0.0009	0.0446	-0.0266	0.0461	-0.2117	0.1194	0.0506	-0.0577	0.1793	-0.0347	0.0129	0.6478	0.0748	0.2266	0.2081	0.1301	0.5328	-1.6133	46.0713	100.0894
30	0.2483	0.0591	-0.06	0.0341	0.0082	0.1423	-0.187	-0.0038	-0.2014	0.2089	0.2369	-0.0378	0.1226	-0.1176	0.0294	0.5283	0.0684	0.1721	0.1985	0.058	0.2838	-2.4332	59.8834	88.6362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 273 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 312 through 338 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 339 through 372 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 373 through 401 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 402 through 450 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 312 through 438 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 73 through 161 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 162 through 199 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 200 through 311 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 312 through 372 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 373 through 440 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 56 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 57 through 160 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 161 through 214 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 215 through 238 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 239 through 268 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 269 through 311 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 312 through 337 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 338 through 415 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 416 through 441 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 6 through 46 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 47 through 143 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1 through 207 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 208 through 275 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 276 through 379 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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