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- PDB-4o1m: Toxoplasma gondii Enoyl acyl carrier protein reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o1m
タイトルToxoplasma gondii Enoyl acyl carrier protein reductase
要素Enoyl-acyl carrier reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Enoyl acyl carrier protein reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-acyl carrier reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Muench, S.P. / Wilkinson, C. / Prigge, S.T. / Rice, D.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: The benzimidazole based drugs show good activity against T. gondii but poor activity against its proposed enoyl reductase enzyme target
著者: Wilkinson, C. / Mcphillie, M.J. / Zhou, Y. / Woods, S. / Afanador, G.A. / Rawson, S. / Khaliq, F. / Prigge, S.T. / Roberts, C.W. / Rice, D.W. / Mcleod, R. / Fishwick, C.W. / Muench, S.P.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年5月7日Group: Other
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase
C: Enoyl-acyl carrier reductase
D: Enoyl-acyl carrier reductase
E: Enoyl-acyl carrier reductase
F: Enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,33012
ポリマ－200,3496
非ポリマー3,9816
水7,476415
1
A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase
C: Enoyl-acyl carrier reductase
E: Enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2208
ポリマ－133,5664
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21970 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area40530 Å2
手法PISA
2
D: Enoyl-acyl carrier reductase
F: Enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子

D: Enoyl-acyl carrier reductase
F: Enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2208
ポリマ－133,5664
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area21840 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area40530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.400, 75.570, 188.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-534-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-acyl carrier reductase / Enoyl-acyl carrier reductase / putative


分子量: 33391.555 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 103-417 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: RH / 遺伝子: Enoyl reductase, ENR, TGVEG_000410 / プラスミド: pMALc2x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus (De3)
参照: UniProt: Q6UCJ9, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Na-Formate, NH4-Acetate, Na3-Citrate, NaK-Tartrate, Na-Oxamate, 1M Sodium HEPES, MOPS pH7.5, 30%(v/v) P500MME_P20K), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月30日
放射モノクロメーター: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair for horizontal and vertical focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 174363 / Num. obs: 129052 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6302 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb 202s

202s


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.223 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19949 6491 5 %RANDOM
Rwork0.1687 ---
obs0.17022 122469 99.59 %-
all-8938 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å2-0 Å20.33 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13302 0 264 415 13981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02213874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.99318888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52851770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.88823.707553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.549152100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5561583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.22099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6441.58814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.825213990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.25935060
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9344.54898
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2192 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.270.5
Bmedium positional0.260.5
Cmedium positional0.250.5
Dmedium positional0.260.5
Emedium positional0.260.5
Fmedium positional0.320.5
Amedium thermal1.222
Bmedium thermal1.12
Cmedium thermal1.172
Dmedium thermal1.112
Emedium thermal1.342
Fmedium thermal1.172
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 498 -
Rwork0.21 8938 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7925-0.1247-0.09940.76880.03130.64940.02070.06350.0987-0.0259-0.02540.0982-0.0879-0.17950.00470.07010.0068-0.00120.0881-0.00060.0311.24826.02829.105
20.7333-0.1345-0.05460.7179-0.15090.8550.03590.20540.0557-0.1991-0.0721-0.10080.03240.03440.03620.10240.0010.03790.09040.02250.017922.3959.0648.453
30.6999-0.13-0.05310.7565-0.11270.9177-0.0237-0.13820.07360.23790.0123-0.0667-0.08550.05730.01130.1305-0.0195-0.02040.0518-0.02160.015519.67913.82254.234
40.9433-0.00620.0370.59130.01680.7098-0.04580.03190.0269-0.0380.0291-0.1417-0.11810.17750.01670.1471-0.03410.04020.07820.00880.044422.807-15.29592.091
50.7778-0.1226-0.12090.80840.12670.5416-0.031-0.0134-0.12740.0833-0.002-0.02840.17460.02810.0330.1214-0.01360.02120.03380.01280.032225.269-12.94933.734
60.95350.059-0.10410.53490.04250.8538-0.08660.2758-0.136-0.14810.0410.00140.0389-0.05510.04570.1768-0.03720.03870.1142-0.04180.0243-2.495-24.42271.326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 307
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 306
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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