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Yorodumi- PDB-4q9n: Crystal structure of Chlamydia trachomatis enoyl-ACP reductase (F... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4q9n | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Chlamydia trachomatis enoyl-ACP reductase (FabI) in complex with NADH and AFN-1252 | ||||||
Components | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
Keywords | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / Enoyl-ACP reductase / NADH / AFN-1252 / fatty acid synthesis / Chlamydia / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
| Function / homology | NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-0WE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / : Function and homology information | ||||||
| Biological species | Chlamydia trachomatis F/11-96 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.795 Å | ||||||
Authors | Yao, J. / Abdelrahman, Y. / Robertson, R.M. / Cox, J.V. / Belland, R.J. / White, S.W. / Rock, C.O. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014Title: Type II Fatty Acid Synthesis Is Essential for the Replication of Chlamydia trachomatis. Authors: Yao, J. / Abdelrahman, Y.M. / Robertson, R.M. / Cox, J.V. / Belland, R.J. / White, S.W. / Rock, C.O. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4q9n.cif.gz | 895.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4q9n.ent.gz | 749.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4q9n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/4q9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/4q9n | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1en0 S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 31990.541 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: FabI Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydia trachomatis F/11-96 (bacteria)Strain: D/UW-3/CX / Gene: fabI(CT104), O173_00565 / Plasmid: pET21 / Production host: ![]() References: UniProt: T1TQB5, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: Chemical | ChemComp-NAI / #3: Chemical | ChemComp-0WE / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.22 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M Hepes, 28% PEG300, 0.2M potassium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2014 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 218541 / Num. obs: 218541 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 20.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.232 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1EN0 ![]() 1en0 Resolution: 1.795→38.607 Å / FOM work R set: 0.8329 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.36 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.455 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 83.81 Å2 / Biso mean: 25.43 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.795→38.607 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Chlamydia trachomatis F/11-96 (bacteria)
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