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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o1m | ||||||
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Title | Toxoplasma gondii Enoyl acyl carrier protein reductase | ||||||
![]() | Enoyl-acyl carrier reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Enoyl acyl carrier protein reductase | ||||||
Function / homology | ![]() enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muench, S.P. / Wilkinson, C. / Prigge, S.T. / Rice, D.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: The benzimidazole based drugs show good activity against T. gondii but poor activity against its proposed enoyl reductase enzyme target Authors: Wilkinson, C. / Mcphillie, M.J. / Zhou, Y. / Woods, S. / Afanador, G.A. / Rawson, S. / Khaliq, F. / Prigge, S.T. / Roberts, C.W. / Rice, D.W. / Mcleod, R. / Fishwick, C.W. / Muench, S.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 658.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 551.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 64.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 88.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 202sS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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Components
#1: Protein | Mass: 33391.555 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 103-417 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q6UCJ9, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M Na-Formate, NH4-Acetate, Na3-Citrate, NaK-Tartrate, Na-Oxamate, 1M Sodium HEPES, MOPS pH7.5, 30%(v/v) P500MME_P20K), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 30, 2013 |
Radiation | Monochromator: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair for horizontal and vertical focussing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. all: 174363 / Num. obs: 129052 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.5 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6302 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb 202s Resolution: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.223 / SU ML: 0.089 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.137 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.566 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 2192 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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