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- PDB-4o02: AlphaVBeta3 integrin in complex with monoclonal antibody FAB fragment. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o02
タイトルAlphaVBeta3 integrin in complex with monoclonal antibody FAB fragment.
要素
  • 17E6 heavy chain
  • 17E6 light chain
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-3
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding ...integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / Laminin interactions / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / fibrinogen binding / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / glycinergic synapse / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / angiogenesis involved in wound healing / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / extracellular matrix binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / activation of protein kinase activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of T cell migration / positive regulation of bone resorption / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / specific granule membrane / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / embryo implantation / phagocytic vesicle / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading
類似検索 - 分子機能
Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Hormone receptor fold / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain ...Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / Hormone receptor fold / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Laminin / Laminin / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Ribbon / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NITRATE ION / Integrin beta-3 / Integrin alpha-V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.605 Å
データ登録者Mahalingam, B. / van Agthoven, J. / Xiong, J. / Arnaout, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Atomic basis for the species-specific inhibition of alpha V integrins by monoclonal antibody 17E6 is revealed by the crystal structure of alpha V beta 3 ectodomain-17E6 Fab complex.
著者: Mahalingam, B. / Van Agthoven, J.F. / Xiong, J.P. / Alonso, J.L. / Adair, B.D. / Rui, X. / Anand, S. / Mehrbod, M. / Mofrad, M.R. / Burger, C. / Goodman, S.L. / Arnaout, M.A.
履歴
登録2013年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references / Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-3
L: 17E6 light chain
H: 17E6 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,04521
ポリマ－229,9044
非ポリマー6,14117
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.464, 266.988, 102.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-V / Vitronectin receptor subunit alpha


分子量: 106375.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 76523.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P05106

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 17E6 light chain


分子量: 23706.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 17E6 heavy chain


分子量: 23298.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 6種, 10分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-3DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 7分子

#11: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#12: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 13.5% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 31351 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): 31351 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 112 Å2 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.866 / % possible all: 55.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.605→49.862 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.92 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RAMACHANDRAN RESTRAINS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3118 1562 4.99 %
Rwork0.2465 --
obs0.2497 31286 87.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.605→49.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13132 0 394 0 13526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37418980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8894259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6054-3.72180.3724870.32491635X-RAY DIFFRACTION54
3.7218-3.85470.3729990.31071988X-RAY DIFFRACTION65
3.8547-4.0090.3221150.28052236X-RAY DIFFRACTION74
4.009-4.19140.31911460.27042572X-RAY DIFFRACTION85
4.1914-4.41220.32361620.24052774X-RAY DIFFRACTION91
4.4122-4.68850.28121520.21612945X-RAY DIFFRACTION96
4.6885-5.05020.29131440.21263035X-RAY DIFFRACTION99
5.0502-5.55780.29121670.23693071X-RAY DIFFRACTION100
5.5578-6.36060.34831670.26483085X-RAY DIFFRACTION100
6.3606-8.00830.33951560.28263147X-RAY DIFFRACTION100
8.0083-49.86650.28841670.22343236X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.64611.73373.06012.8360.92864.2343-0.22770.16570.4345-1.4185-0.12780.2979-0.3427-1.16540.3980.9356-0.14590.24580.8230.10942.1034-84.590856.9412-19.8699
22.4706-0.52360.34066.943-1.44043.7438-0.1598-0.34750.93420.6820.1247-0.5987-0.42390.1464-0.0040.46570.02890.0820.5496-0.09251.311-50.542459.61611.0595
35.44151.04642.50532.14120.76642.9640.15640.51850.4953-0.1381-0.35920.46830.0461-0.10320.15890.73330.17780.24530.57820.08071.5301-65.530759.1636-11.9175
47.29712.22771.34211.59181.19763.40680.18790.22250.2384-0.2272-0.02060.22790.00950.6688-0.19021.47260.3479-0.06711.91230.12021.6412-72.015244.9878-30.2976
50.42681.2377-1.533.671-4.53415.5863-0.1671-1.67-2.13121.1889-0.21960.30322.7815-0.39060.36884.2168-0.55330.07353.65051.81623.1122-40.357279.1169-28.7975
64.0444-1.54661.51193.8382-0.7174.30840.1571-0.8492-0.52040.1555-0.10970.6030.3985-0.0178-0.00920.5332-0.01720.01130.63660.05060.5891-42.742825.043417.5967
73.92221.34320.69734.1025-0.66315.48580.35910.6035-0.7171-0.97460.53870.67790.6866-0.5054-0.860.82620.013-0.21440.57450.12110.9045-51.101229.5331-4.6392
84.66411.58242.40030.78421.56893.32170.2640.25-1.323-1.7146-0.00841.07230.2311-0.6311-0.20742.015-0.0358-1.03341.1110.17082.1995-77.50315.6917-11.7723
91.71351.5146-0.04721.8456-2.16215.33220.34380.1917-0.0674-1.17220.50050.91551.8196-0.4331-0.79822.110.088-0.55050.969-0.02532.6647-78.13728.4029-27.8464
102.50431.0898-0.01215.1758-0.18733.4912-0.0976-0.3932-0.3149-1.22210.7286-1.17161.72020.1687-0.65522.72120.2606-0.42541.3731-0.10412.0989-65.046918.9114-42.1338
113.23861.43450.92014.72360.03310.2131-0.5780.1064-0.7854-1.37160.2333-2.33220.10240.49510.37931.953-0.02150.63512.5370.06992.517-26.921358.8388-41.7315
126.325-2.29490.00845.3840.02234.0639-1.2646-1.44960.98841.42130.0555-0.6805-0.11840.33031.17660.9264-0.1851-0.34851.57280.08860.8993-9.71823.767640.8371
138.9754-2.26650.60767.5961-0.00051.60840.22311.2723-1.3087-0.5518-0.43240.57040.42590.40070.14640.80220.23970.29071.0568-0.28261.2658-14.25918.208629.7929
145.3141-0.7989-0.51557.7402-1.21035.2222-0.2536-1.8548-0.32470.30780.21060.5129-0.4579-0.3771-0.04610.5295-0.0174-0.03671.2966-0.04770.7002-11.663321.708635.5388
153.49321.00511.15190.33660.34810.37860.3293-0.2312-1.26960.0186-0.5518-1.51630.54750.16840.22450.65550.0489-0.02441.86090.46422.426513.9317.508336.5198
164.8478-1.00341.85666.35261.13325.4382-0.27490.50840.554-0.2310.2433-1.9407-0.3163.008-0.10980.8822-0.0275-0.15422.1986-0.01931.744420.617814.837732.7426
173.44140.37831.20287.0884-1.79241.688-0.1504-1.0590.38670.7289-0.8928-2.5891-0.4210.37311.13571.0639-0.1373-0.15332.8708-0.09531.849530.058515.08335.821
182.094-0.37520.49694.2105-1.48695.47830.4010.89680.517-0.0855-0.8959-1.7248-0.31611.46380.48630.77570.04840.16621.06590.30981.6423-7.713232.51816.1715
197.127-1.8595-0.72033.693-0.33651.5418-0.4882-0.45070.5718-0.32510.2215-2.19250.7871.96190.23270.91770.61340.42262.51270.08322.296710.644917.557621.2372
204.01733.0861-0.26122.62160.89284.6763-0.95930.4343-0.659-0.30251.0036-0.10671.22241.117-0.04521.26670.52720.25782.5027-0.20271.74720.11439.127518.1597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 121 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 122 through 304 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 305 through 441 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 442 through 657 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 658 through 687 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1 through 214 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 215 through 403 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 404 through 533 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 534 through 622 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 623 through 742 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 743 through 953 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 1 through 32 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 33 through 61 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 62 through 102 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 103 through 120 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 121 through 173 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 174 through 214 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 1 through 98 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 99 through 150 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 151 through 218 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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