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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nv8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mesorhizobium Loti Arylamine N-acetyltransferase F42W Mutant | ||||||
![]() | Arylamine N-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NAT / Arylamine N-acetyltransferase / acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, X.M. / Haouz, A. / Weber, P. / Li de la sierra-gallay, I. / Kubiak, X. / Dupret, J.-M. / Rodrigues-lima, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insight into cofactor recognition in arylamine N-acetyltransferase enzymes: structure of Mesorhizobium loti arylamine N-acetyltransferase in complex with coenzyme A. 著者: Xu, X. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Kubiak, X. / Duval, R. / Chaffotte, A.F. / Dupret, J.M. / Haouz, A. / Rodrigues-Lima, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 275 / Label seq-ID: 39 - 309
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34361.777 Da / 分子数: 2 / 変異: F42W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07169 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→32.01 Å / Num. obs: 61856 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.682 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2BSZ 解像度: 1.84→32.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.886 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.561 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→32.01 Å
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拘束条件 |
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