PDB-4nv0: Crystal structure of cytosolic 5'-nucleotidase IIIB (cN-IIIB) bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nv0

タイトル

Crystal structure of cytosolic 5'-nucleotidase IIIB (cN-IIIB) bound to 7-methylguanosine

要素

7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

キーワード

HYDROLASE / Rossmannoid fold / 5'-Nucleotidase

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside monophosphate catabolic process / guanosine-containing compound catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Pyrimidine catabolism / nucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide metabolic process / nucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Monecke, T. / Neumann, P. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of the Novel Cytosolic 5'-Nucleotidase IIIB Explain Its Preference for m7GMP
著者: Monecke, T. / Buschmann, J. / Neumann, P. / Wahle, E. / Ficner, R.

履歴

登録	2013年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nv0.cif.gz	273.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nv0.ent.gz	220.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nv0_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nv0_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4nv0_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	4nv0_validation.cif.gz	44.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/4nv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/4nv0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4nwiC 2g08S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vyw-1 3lre-1 6vw9-d 3ze3-1 6n79-d 2wab-d 4yo3-1 3tec-d 5d56-2 4ge5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

B: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.670, 99.110, 74.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase / cytosolic 5'-nucleotidase IIIB / 5'-nucleotidase CG3362 分子量: 36338.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG3362 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE2) / 参照: UniProt: Q9W197, 5'-nucleotidase

#1: タンパク質

7-methylguanosine phosphate-specific 5'-nucleotidase / cytosolic 5'-nucleotidase IIIB / 5'-nucleotidase CG3362

分子量: 36338.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG3362 / プラスミド: pET24d / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE2) / 参照: UniProt: Q9W197, 5'-nucleotidase

-
非ポリマー , 5種, 590分子

#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-MG7 / 7-METHYLGUANOSINE / N⁷-メチルグアノシン分子量: 298.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₅O₅
#5: 化合物	ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト分子量: 81.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F₃Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 26% PEG 4000, 0.1M HEPES, 0.2M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月19日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→46.67 Å / Num. all: 80943 / Num. obs: 76459 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 81.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G08

2g08

解像度: 1.65→41.194 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.8833 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1942	3823	5 %	RANDOM
R_work	0.1591	-	-	-
all	0.1608	76416	-	-
obs	0.1608	76416	94.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.6 Å² / B_iso mean: 21.442 Å² / B_iso min: 6.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→41.194 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4813	0	62	583	5458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5189
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.58	7051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.212	770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	923
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.325	1947

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6709	0.2872	118	0.2523	2234	2352	78
1.6709-1.6929	0.3032	121	0.2453	2287	2408	81
1.6929-1.7161	0.2605	122	0.2394	2327	2449	82
1.7161-1.7406	0.2678	126	0.2309	2390	2516	84
1.7406-1.7666	0.272	131	0.2225	2490	2621	87
1.7666-1.7942	0.248	139	0.2136	2642	2781	93
1.7942-1.8236	0.2343	143	0.198	2706	2849	97
1.8236-1.855	0.1978	146	0.1787	2768	2914	96
1.855-1.8888	0.2148	143	0.1755	2717	2860	97
1.8888-1.9251	0.2113	144	0.1602	2752	2896	97
1.9251-1.9644	0.1779	144	0.1564	2730	2874	97
1.9644-2.0071	0.2167	146	0.159	2770	2916	97
2.0071-2.0538	0.2056	144	0.1625	2744	2888	97
2.0538-2.1052	0.2051	146	0.1581	2768	2914	97
2.1052-2.1621	0.188	145	0.1542	2760	2905	97
2.1621-2.2257	0.207	147	0.1511	2784	2931	97
2.2257-2.2975	0.1753	145	0.1469	2747	2892	98
2.2975-2.3796	0.1889	146	0.1476	2788	2934	98
2.3796-2.4749	0.1864	147	0.1548	2789	2936	98
2.4749-2.5875	0.1862	145	0.1534	2757	2902	98
2.5875-2.7239	0.1983	147	0.1613	2787	2934	98
2.7239-2.8945	0.2192	148	0.1624	2809	2957	98
2.8945-3.1179	0.2013	148	0.1649	2805	2953	98
3.1179-3.4316	0.1973	146	0.1575	2783	2929	98
3.4316-3.9278	0.1734	149	0.1378	2816	2965	98
3.9278-4.9473	0.1404	147	0.1213	2800	2947	97
4.9473-41.2068	0.1756	150	0.1611	2843	2993	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9658	-0.5898	2.1751	2.0992	-0.7698	4.037	-0.0642	0.0603	0.1355	-0.0057	0.0163	-0.1346	-0.3899	-0.024	-0.0077	0.1632	-0.0015	0.0015	0.1213	-0.0015	0.1568	-12.7163	9.0866	12.6218
2	0.686	-0.1418	-0.1515	1.1064	0.3156	0.7269	-0.0168	-0.0382	0.07	-0.0269	0.0201	0.0177	-0.0449	-0.0488	0.0169	0.0628	0.0055	-0.0064	0.0998	-0.004	0.079	-17.2093	-3.7753	10.1894
3	2.686	0.7545	0.8338	2.5766	0.5495	2.0222	-0.0597	0.0571	-0.2691	-0.5969	0.1729	-0.3501	-0.1044	0.3834	-0.133	0.2229	-0.0282	0.1036	0.1944	-0.0261	0.1463	-6.633	-15.9501	-14.7771
4	1.2283	-0.6228	-0.0394	2.5235	0.0441	0.946	0.3075	0.3836	0.0857	-0.6314	-0.3634	-0.1113	-0.3059	-0.2533	0.0134	0.3182	0.1008	0.0078	0.2104	0.0218	0.1975	-23.1071	-9.6662	-18.9162
5	1.5269	1.2557	1.7397	1.4237	1.6029	2.1134	0.0648	0.138	-0.1901	-0.0017	0.0868	-0.1653	0.1082	0.3384	-0.0752	0.1774	0.0145	0.0411	0.2148	-0.0408	0.2086	-7.0175	-23.1025	-11.0391
6	0.3415	-0.0458	-0.3306	0.9137	0.6675	1.3589	0.0045	0.0311	-0.0942	-0.0272	-0.0762	0.0607	0.0447	-0.116	0.0598	0.096	-0.0025	0.0067	0.0903	-0.0063	0.1013	-18.9567	-15.3185	2.305
7	1.6339	-0.253	0.0707	1.3274	0.6624	1.1071	0.0983	0.0335	0.1447	-0.1055	-0.0316	0.0002	-0.1669	-0.0135	-0.0456	0.0998	0.0061	0.0112	0.0799	0.0083	0.0951	-14.1413	0.6597	7.6881
8	1.9005	0.539	-1.1212	1.9864	-0.4726	4.0411	-0.1665	0.0012	-0.1519	-0.0051	0.104	-0.0981	0.407	-0.0413	0.0399	0.1433	0.0139	0.004	0.1504	-0.0152	0.1681	-34.7116	-13.7204	-49.587
9	0.3569	0.1203	-0.1597	1.0148	0.4212	0.4442	-0.0268	0.0118	-0.0677	0.0564	0.0528	0.0008	0.0569	-0.0607	-0.0404	0.0714	0.0019	0.0058	0.1047	-0.0097	0.0823	-38.5115	-0.9351	-45.8463
10	1.1157	-0.6115	-1.0472	1.8238	0.4166	1.3367	-0.0217	-0.2693	0.1293	0.4329	0.1215	-0.5242	0.1105	0.4489	-0.0709	0.1875	0.0539	-0.0771	0.2446	-0.0317	0.2053	-27.2806	9.5131	-24.655
11	1.392	0.1511	-0.1052	2.0665	-0.3458	1.3249	-0.1547	-0.1012	-0.0693	0.4408	0.0904	0.0899	0.0841	-0.1579	0.0315	0.3216	-0.0139	0.0573	0.2179	-0.0021	0.143	-42.3944	5.4235	-17.0755
12	0.5199	-0.3525	-0.3623	0.9257	0.187	1.2122	0.0107	-0.0812	0.2115	0.1013	0.0581	-0.1828	-0.1181	0.2133	-0.0457	0.0968	-0.0147	-0.0081	0.121	-0.0408	0.1418	-32.3247	13.8979	-36.6417
13	0.8219	1.8838	0.8548	4.3048	1.9599	0.8927	0.0308	-0.096	0.307	0.4295	-0.1768	0.528	0.0036	-0.2172	0.1333	0.1706	0.0019	0.026	0.1347	-0.0448	0.1854	-45.8382	16.7667	-27.1041
14	0.8476	0.0638	0.4309	0.4958	0.1724	1.3784	-0.0177	-0.1413	0.1543	0.0474	-0.0448	0.2041	-0.0327	-0.179	0.039	0.0861	0.0024	0.007	0.1408	-0.0327	0.1412	-48.7409	6.5469	-43.7024
15	1.4445	-0.1043	0.3906	1.8201	-0.9554	3.1739	0.0631	-0.1606	-0.1603	0.349	-0.0784	0.1301	0.295	0.161	0.0045	0.2	-0.0079	0.0306	0.1432	0.0123	0.1137	-40.0168	-9.1485	-35.7634
16	1.6477	0.2186	0.0002	1.593	0.1972	1.4836	0.0403	0.1397	0.0137	-0.1646	0.0066	-0.0675	0.0044	0.0895	-0.0055	0.1099	0.0101	0.0085	0.1095	-0.0178	0.0944	-33.0209	-1.9297	-51.5054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 13 THROUGH 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 32 THROUGH 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 65 THROUGH 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 88 THROUGH 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 128 THROUGH 148 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 149 THROUGH 260 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 261 THROUGH 311 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 13 THROUGH 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 32 THROUGH 64 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 65 THROUGH 85 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 86 THROUGH 127 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 128 THROUGH 200 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 201 THROUGH 220 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 221 THROUGH 260 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 261 THROUGH 282 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 283 THROUGH 312 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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