+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yo3 | ||||||||||||
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Title | Enteroaggregative Escherichia Coli TssA N-terminal fragment | ||||||||||||
Components | TssA | ||||||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Type VI secretion system | ||||||||||||
Function / homology | Type VI secretion system-associated, VCA0119 / Type VI secretion, EvfE, EvfF, ImpA, BimE, VC_A0119, VasJ / ImpA, N-terminal / ImpA, N-terminal, type VI secretion system / identical protein binding / ImpA N-terminal domain-containing protein / Type VI secretion protein Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Escherichia coli 042 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.37 Å | ||||||||||||
Authors | Durand, E. / Zoued, A. / Spinelli, S. / Douzi, B. / Brunet, Y.R. / Bebeacua, C. / Legrand, P. / Journet, L. / Mignot, T. / Cambillau, C. / Cascales, E. | ||||||||||||
Funding support | France, 3items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2016 Title: Priming and polymerization of a bacterial contractile tail structure. Authors: Abdelrahim Zoued / Eric Durand / Yannick R Brunet / Silvia Spinelli / Badreddine Douzi / Mathilde Guzzo / Nicolas Flaugnatti / Pierre Legrand / Laure Journet / Rémi Fronzes / Tâm Mignot / ...Authors: Abdelrahim Zoued / Eric Durand / Yannick R Brunet / Silvia Spinelli / Badreddine Douzi / Mathilde Guzzo / Nicolas Flaugnatti / Pierre Legrand / Laure Journet / Rémi Fronzes / Tâm Mignot / Christian Cambillau / Eric Cascales / Abstract: Contractile tails are composed of an inner tube wrapped by an outer sheath assembled in an extended, metastable conformation that stores mechanical energy necessary for its contraction. Contraction ...Contractile tails are composed of an inner tube wrapped by an outer sheath assembled in an extended, metastable conformation that stores mechanical energy necessary for its contraction. Contraction is used to propel the rigid inner tube towards target cells for DNA or toxin delivery. Although recent studies have revealed the structure of the contractile sheath of the type VI secretion system, the mechanisms by which its polymerization is controlled and coordinated with the assembly of the inner tube remain unknown. Here we show that the starfish-like TssA dodecameric complex interacts with tube and sheath components. Fluorescence microscopy experiments in enteroaggregative Escherichia coli reveal that TssA binds first to the type VI secretion system membrane core complex and then initiates tail polymerization. TssA remains at the tip of the growing structure and incorporates new tube and sheath blocks. On the basis of these results, we propose that TssA primes and coordinates tail tube and sheath biogenesis. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yo3.cif.gz | 709.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yo3.ent.gz | 619 KB | Display | PDB format |
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Others | Other downloads |
-Validation report
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Data in XML | 4yo3_validation.xml.gz | 62.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4yo3_validation.cif.gz | 83.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yo3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18126.139 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli 042 (bacteria) / Gene: EC55989_3324 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B7LFT5, UniProt: D3GUX1*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 300 nL of protein at 4.7 mg/mL with 100 nL of 29% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.987 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.37→28.4 Å / Num. obs: 36779 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 101.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.37→3.47 Å / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.37→28.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8825 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8821 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.534
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Displacement parameters | Biso mean: 111.68 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 3.37→28.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.37→3.47 Å / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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