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万見
- PDB-6vw9: C-terminal regulatory domain of the chloride transporter KCC-1 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vw9
タイトルC-terminal regulatory domain of the chloride transporter KCC-1 from C. elegans, proteolyzed during crystallization
要素(K+/Cl-Cotransporter) x 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Cation-chloride-cotransporter / Slc transporter / cytosolic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / chloride transmembrane transport / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / SLC12A transporter family / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zimanyi, C.M. / Cheung, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Simons Foundation Autism Research Initiative534503 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure of the Regulatory Cytosolic Domain of a Eukaryotic Potassium-Chloride Cotransporter.
著者: Zimanyi, C.M. / Guo, M. / Mahmood, A. / Hendrickson, W.A. / Hirsh, D. / Cheung, J.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K+/Cl-Cotransporter
B: K+/Cl-Cotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1536
ポリマ－34,5502
非ポリマー6034
水1,20767
1
A: K+/Cl-Cotransporter
B: K+/Cl-Cotransporter
ヘテロ分子

A: K+/Cl-Cotransporter
B: K+/Cl-Cotransporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,30612
ポリマ－69,1004
非ポリマー1,2058
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area13720 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area28650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.320, 65.546, 56.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.174, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 K+/Cl-Cotransporter


分子量: 26443.824 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal regulatory domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: kcc-1, CELE_R13A1.2, R13A1.2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: S6FCX2
#2: タンパク質 K+/Cl-Cotransporter


分子量: 8106.339 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal regulatory domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: kcc-1, CELE_R13A1.2, R13A1.2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: S6FCX2
#3: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細The protein was internally proteolyzed during crystallization, as demonstrated by gel ...The protein was internally proteolyzed during crystallization, as demonstrated by gel electrophoresis. It is uncertain how much was cleaved. It is assumed that the residues missing from the electron density represent the residues that were removed proteolytically

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 5% w/v PEG 8000, 20% w/v PEG 300, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.796→40.79 Å / Num. obs: 34639 / % possible obs: 97.87 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 13.83
反射 シェル解像度: 1.796→1.86 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 29973 / CC1/2: 0.454 / CC star: 0.79 / % possible all: 91.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→40.79 Å / SU ML: 0.2208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.5095 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 1717 4.96 %
Rwork0.1826 32895 -
obs0.1843 34612 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2381 0 40 67 2488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1143376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.829953
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.267387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.36431240.34682435X-RAY DIFFRACTION88.45
1.85-1.910.32191430.32722776X-RAY DIFFRACTION99.08
1.91-1.980.31091550.27662751X-RAY DIFFRACTION98.88
1.98-2.060.2991420.25172745X-RAY DIFFRACTION98.5
2.06-2.150.28591290.23652743X-RAY DIFFRACTION97.92
2.15-2.260.25251690.21132785X-RAY DIFFRACTION99.33
2.26-2.40.22951290.1972762X-RAY DIFFRACTION99.21
2.4-2.590.21981310.19752783X-RAY DIFFRACTION99.01
2.59-2.850.24241390.21542728X-RAY DIFFRACTION97.25
2.85-3.260.24371480.20212812X-RAY DIFFRACTION99.43
3.26-4.110.20071470.17272761X-RAY DIFFRACTION97.95
4.11-40.790.17921610.14652814X-RAY DIFFRACTION98.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7265491545-0.7530371752421.493504072410.958473683958-1.382897997215.39133753288-0.0972398206328-0.1410399837150.03131044459960.0628996454621-0.0746348884006-0.09536880819980.05358731084030.1514833114850.1616049205510.34016549685-0.010983693507-0.003647077372950.321396025501-0.04673251485490.2724398841944.843070420339.601640358514.5856200265
28.86599009396-0.646404184531-0.8833575662344.67480798541.01338770335.35128267882-0.155918653317-0.2005297986290.05191441875240.2802660880340.05091910687690.983397919449-0.122545433939-1.18867756770.01100846411450.5258329823510.2203677589020.003133989217540.6872057846550.02698964512870.57822965112519.436922736548.77745595368.79751952536
35.030727901751.250168690830.379940889777.015608813870.7949524477764.645069094560.0855037974531-0.105836898296-0.102354595840.281900677048-0.035156796240.4218355085520.264360316063-0.62826760116-0.1185028593230.2725674555660.0186234214061-0.01450734279010.5631196988-0.06484261970880.36849293005523.187828610335.36789664199.82830111348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 660 through 819 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 820 through 879 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 880 through 892) or chain 'B' and (resid 996 through 1063)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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