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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dg7 | ||||||
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Title | Low resolution structure of Drosophila Translin | ||||||
![]() | GM27569p | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / translin-like fold / ssDNA/RNA binding / reductive methylation / dimethylamino-borane / formaldehyde | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / behavioral response to starvation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / protein homodimerization activity / RNA binding ...negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / behavioral response to starvation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / protein homodimerization activity / RNA binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, V. / Gupta, G.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Low-resolution structure of Drosophila translin Authors: Kumar, V. / Gupta, G.D. #1: ![]() Title: Crystal structures of Drosophila mutant translin and characterization of translin variants reveal the structural plasticity of translin proteins. Authors: Gupta, G.D. / Makde, R.D. / Rao, B.J. / Kumar, V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 596.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 503.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 543.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3axjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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5 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 29229.221 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: Translin protein Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20% PEG 4000, 100mM bicine (pH 8.5), 200mM sodium formate, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2011 / Details: bent collimating mirror and toroid |
Radiation | Monochromator: Si(111) monochromator. / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.195→95 Å / Num. all: 16534 / Num. obs: 16416 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 121.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 5.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3AXJ Resolution: 4.195→48.146 Å / SU ML: 1.37 / Cross valid method: thoughout / σ(F): 0 / Phase error: 35.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 126.406 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.195→48.146 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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