PDB-4wyv: Crystal Structure of Human Translin in Open Conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wyv

タイトル

Crystal Structure of Human Translin in Open Conformation

要素

Translin

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Translin / Octomer / RNA / Open / Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

endoribonuclease complex / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / male germ cell nucleus / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Dvir, H. / Eliahoo, E. / Alian, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: A novel open-barrel structure of octameric translin reveals a potential RNA entryway.
著者: Eliahoo, E. / Marx, A. / Manor, H. / Alian, A.

履歴

登録	2014年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え	2014年11月26日	ID: 4jhf
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wyv.cif.gz	690 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wyv.ent.gz	581.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wyv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wyv_validation.pdf.gz	484.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wyv_full_validation.pdf.gz	510.2 KB	表示
XML形式データ	4wyv_validation.xml.gz	56.9 KB	表示
CIF形式データ	4wyv_validation.cif.gz	78.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/4wyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/4wyv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1j1jS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dg7-d 1key-1 1j1j-5 6723 2bs9-2 3pja-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Translin

B: Translin

C: Translin

D: Translin

E: Translin

F: Translin

G: Translin

H: Translin

221 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.308, 82.308, 635.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Translin / Component 3 of promoter of RISC / C3PO 分子量: 27625.498 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q15631, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.05M MES, 0.2M KCL, 0.01M MGCL2, 5% PEG8000, PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月3日
放射	モノクロメーター: Si(111) Single Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→58.2 Å / Num. obs: 45180 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.2 % / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
SCALA		データスケーリング
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1j1j

1j1j

解像度: 3→58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 48.631 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27212	2272	5 %	RANDOM
R_work	0.22551	-	-	-
obs	0.22786	42759	98.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.457 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13917	0	0	18	13935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	14164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.967	19106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.202	5	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.962	23.177	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.891	15	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.534	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.712	1.5	8443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.401	2	13678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.933	3	5721
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.478	4.5	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	158	-
R_work	0.315	2632	-
obs	-	-	84.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1776	-0.5027	-1.9912	1.4874	0.1918	3.941	0.1215	0.1535	0.1033	0.0449	-0.0755	-0.5273	-0.1968	0.3675	-0.046	0.1693	-0.0523	-0.1497	0.1659	0.0296	0.3101	19.424	-6.724	61.491
2	1.0933	-0.6994	-0.9424	3.624	2.3447	4.4791	-0.0373	0.073	-0.1509	0.0895	-0.1772	-0.181	0.3543	0.31	0.2145	0.24	0.0301	-0.1909	0.1321	0.0939	0.3255	12.379	-40.875	60.549
3	1.0309	0.0206	-0.7794	1.5366	-2.7018	6.8027	-0.0652	0.1157	-0.0552	0.1523	0.0958	0.0359	-0.3184	-0.7097	-0.0306	0.2003	0.0922	-0.0369	0.1874	-0.035	0.0816	-13.558	5.114	58.552
4	0.6549	0.68	-0.9499	1.5608	-2.5544	5.1012	-0.0557	0.1123	-0.0619	-0.393	-0.0114	-0.03	0.2739	-0.2067	0.0672	0.5067	0.1228	-0.0387	0.1523	-0.0111	0.1028	-6.945	-47.401	19.231
5	0.1387	-0.1111	-0.1157	1.7902	2.2857	4.5012	0.0778	0.0334	0.1381	-0.3231	-0.0355	-0.3305	-0.5624	0.3291	-0.0423	0.4243	0.0492	0.1268	0.3413	0.1378	0.3541	17.297	-1.272	25.125
6	1.6096	-0.2286	-1.4721	0.8176	0.2633	3.2508	0.0608	-0.0905	-0.0652	-0.0643	-0.089	0.0499	0.1717	-0.3539	0.0282	0.2666	0.0979	-0.0892	0.5247	0.0394	0.0974	-17.567	-5.045	23.822
7	0.5633	0.1646	1.149	0.7569	0.4267	3.8343	0.0781	0.0726	0.0509	-0.0562	-0.1511	-0.5508	0.24	0.5043	0.073	0.3996	0.2241	0.0001	0.5012	0.1831	0.4922	25.192	-35.501	26.068
8	1.4004	0.3432	1.538	1.1645	0.4591	6.0625	0.0812	0.0809	0.1495	-0.2521	-0.1419	0.2594	-0.2488	-0.5177	0.0606	0.1828	0.0534	-0.0644	0.1885	-0.006	0.1804	-21.26	-38.662	51.993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 217
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 217
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 217
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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