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万見
- PDB-4nuv: Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nuv
タイトルHeterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)
要素
  • Duffy antigen/chemokine receptor
  • Duffy receptor
キーワードmembrane protein / cell invasion / Duffy Binding Like (DBL) Domain Fold / GPCR / Adhesion / Invasion / Red blood cell binding / Chemokine Binding / Duffy Antigen Receptor for Chemokines / Membrane / protein binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemokine production / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / recycling endosome / defense response / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / early endosome ...regulation of chemokine production / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / recycling endosome / defense response / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / early endosome / host cell surface receptor binding / inflammatory response / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy antigen/chemokine receptor / Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain ...Duffy antigen/chemokine receptor / Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / 5 helical Cullin repeat like / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Duffy receptor / Atypical chemokine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tolia, N.H.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Red Blood Cell Invasion by Plasmodium vivax: Structural Basis for DBP Engagement of DARC.
著者: Batchelor, J.D. / Malpede, B.M. / Omattage, N.S. / Dekoster, G.T. / Henzler-Wildman, K.A. / Tolia, N.H.
履歴
登録2013年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Duffy receptor
B: Duffy receptor
C: Duffy antigen/chemokine receptor
D: Duffy antigen/chemokine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6626
ポリマ－82,4774
非ポリマー1842
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Duffy receptor
C: Duffy antigen/chemokine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3313
ポリマ－41,2392
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
3
B: Duffy receptor
D: Duffy antigen/chemokine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3313
ポリマ－41,2392
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.287, 59.391, 91.395
Angle α, β, γ (deg.)103.14, 91.04, 100.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Duffy receptor / Erythrocyte-binding protein


分子量: 37610.051 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 211-525 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22290
#2: タンパク質・ペプチド Duffy antigen/chemokine receptor / Atypical chemokine receptor 1 / Fy glycoprotein / GpFy / Glycoprotein D / Plasmodium vivax receptor


分子量: 3628.606 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 14-43 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DARC, ACKR1, FY, GPD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16570
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 23251 / Num. obs: 22139 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3RRC

3rrc


解像度: 2.6→19.904 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 1085 4.9 %Randomly selected 5%
Rwork0.1829 ---
obs0.1854 22121 95.14 %-
all-23251 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5041 0 12 52 5105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5437030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8612020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5918-2.70950.33921310.27472559X-RAY DIFFRACTION92
2.7095-2.8520.27591430.23862651X-RAY DIFFRACTION96
2.852-3.03010.27131450.20972672X-RAY DIFFRACTION98
3.0301-3.26310.2711260.19392674X-RAY DIFFRACTION97
3.2631-3.58980.24871310.18362669X-RAY DIFFRACTION96
3.5898-4.10520.18941370.16752605X-RAY DIFFRACTION94
4.1052-5.15720.20271350.15862622X-RAY DIFFRACTION95
5.1572-19.90480.23871370.17482584X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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