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- PDB-3rrc: Crystal Structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rrc
タイトルCrystal Structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein
要素Duffy receptor
キーワードCELL INVASION / Duffy Binding Like / Receptor Recognition / Duffy Antigen Receptor for Chemokines
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / 5 helical Cullin repeat like ...Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / 5 helical Cullin repeat like / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Duffy receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tolia, N.H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Dimerization of Plasmodium vivax DBP is induced upon receptor binding and drives recognition of DARC.
著者: Batchelor, J.D. / Zahm, J.A. / Tolia, N.H.
履歴
登録2011年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Duffy receptor
B: Duffy receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,34317
ポリマ－75,2802
非ポリマー1,06315
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area28020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.500, 66.970, 91.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Duffy receptor / Erythrocyte-binding protein


分子量: 37640.145 Da / 分子数: 2 / 断片: Region II (UNP residues 211-525) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
株: SaI-1 / 遺伝子: PVDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22290
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M ammonium phosphate, 23% polyethylene glycol 3350, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 50266 / Num. obs: 49943 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.703 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 19.05 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 2557 5.12 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.1974 49917 99.5 %-
all-50266 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.765 Å2 / ksol: 0.413 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7806 Å2-0 Å22.7216 Å2
2--4.4661 Å20 Å2
3----1.1396 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4618 0 64 364 5046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0666378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4681829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.98750.29831450.24592625X-RAY DIFFRACTION100
1.9875-2.0280.29251480.23782617X-RAY DIFFRACTION100
2.028-2.07210.2841240.25032590X-RAY DIFFRACTION98
2.0721-2.12020.28431410.22932607X-RAY DIFFRACTION99
2.1202-2.17320.26791300.2022624X-RAY DIFFRACTION100
2.1732-2.23180.26631320.2192656X-RAY DIFFRACTION100
2.2318-2.29740.26311550.21652592X-RAY DIFFRACTION99
2.2974-2.37150.23881320.18722605X-RAY DIFFRACTION100
2.3715-2.45610.24661350.192620X-RAY DIFFRACTION100
2.4561-2.55420.25181360.19062659X-RAY DIFFRACTION100
2.5542-2.67020.25771370.18612630X-RAY DIFFRACTION99
2.6702-2.81060.23211440.1782640X-RAY DIFFRACTION100
2.8106-2.98610.24061700.17852624X-RAY DIFFRACTION100
2.9861-3.21580.23151410.17172612X-RAY DIFFRACTION100
3.2158-3.53770.23491240.17932686X-RAY DIFFRACTION100
3.5377-4.04580.22011540.1832624X-RAY DIFFRACTION99
4.0458-5.08270.20141540.17192648X-RAY DIFFRACTION100
5.0827-19.70430.25661550.23112701X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84860.3005-0.42390.34750.11770.9240.0158-0.2630.01440.1036-0.0679-0.0071-0.01920.26410.04520.0784-0.0079-0.03710.1605-0.01250.0476-50.82399.011222.133
20.6175-0.10870.46530.2035-0.06990.91990.0090.0278-0.0373-0.0139-0.00010.0018-0.0285-0.1066-0.00950.0379-0.0246-0.02880.07950.0180.0358-44.369310.371178.1746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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