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万見
- PDB-4nuf: Crystal Structure of SHP/EID1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nuf
タイトルCrystal Structure of SHP/EID1
要素
  • EID1 peptide
  • Maltose ABC transporter periplasmic protein, Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2 chimeric construct
キーワードTRANSCRIPTION / protein-peptide complex / peptide mimicking protein helix / sandwich fold / transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear retinoic acid receptor binding / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / histone acetyltransferase binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding ...Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear retinoic acid receptor binding / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / histone acetyltransferase binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notch signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / circadian regulation of gene expression / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of insulin secretion / response to organic cyclic compound / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / circadian rhythm / transcription corepressor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to ethanol / periplasmic space / cell differentiation / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EP300-interacting inhibitor of differentiation / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...EP300-interacting inhibitor of differentiation / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2 / EP300-interacting inhibitor of differentiation 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O104:H4 (大腸菌)
mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhi, X. / Zhou, X.E. / He, Y. / Zechner, C. / Suino-Powell, K.M. / Kliewer, S.A. / Melcher, K. / Mangelsdorf, D.J. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural insights into gene repression by the orphan nuclear receptor SHP.
著者: Zhi, X. / Zhou, X.E. / He, Y. / Zechner, C. / Suino-Powell, K.M. / Kliewer, S.A. / Melcher, K. / Mangelsdorf, D.J. / Xu, H.E.
履歴
登録2013年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose ABC transporter periplasmic protein, Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2 chimeric construct
P: EID1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3463
ポリマ－66,0032
非ポリマー3421
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.388, 105.148, 136.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maltose ABC transporter periplasmic protein, Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2 chimeric construct


分子量: 64185.230 Da / 分子数: 1 / 断片: MBP unp residues 27-391, SHP unp residues 55-260 / 変異: E85D, L126T, E127T, E128R, K228R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O104:H4 (大腸菌), (組換発現) mus musculus (ハツカネズミ)
株: 2009EL-2071 / 遺伝子: malE, malE O3O_01660, Nr0b2, Shp / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: K0BGG6, UniProt: Q62227, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド EID1 peptide / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner


分子量: 1818.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: Q9DCR4*PLUS
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化温度: 298 K / pH: 9.5 / 詳細: PEG 3000, pH 9.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月15日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 17181 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 0 Å2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2319
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1158 5.6 %
Rwork0.196 --
obs0.196 17181 83.3 %
溶媒の処理Bsol: 15.16 Å2
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.924 Å20 Å20 Å2
2---4.433 Å20 Å2
3---16.357 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4421 0 23 49 4493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9432.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3668 67 -
Rwork0.262 1111 -
obs--58.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:CARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION6MAL_PAR.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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