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- PDB-4nu1: Crystal structure of a transition state mimic of the GSK-3/Axin c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nu1
タイトルCrystal structure of a transition state mimic of the GSK-3/Axin complex bound to phosphorylated N-terminal auto-inhibitory pS9 peptide
要素
  • Axin-1
  • Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE / Wnt / LRP6 / GSK-3 / Axin / kinase / primed substrate / transition state / phosphorylated N-terminal auto-inhibitory pS9 peptide / TRANSFERASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / beta-catenin destruction complex assembly / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / re-entry into mitotic cell cycle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / armadillo repeat domain binding ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of protein localization to centrosome / beta-catenin destruction complex assembly / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of neuron maturation / Beta-catenin phosphorylation cascade / CRMPs in Sema3A signaling / re-entry into mitotic cell cycle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / armadillo repeat domain binding / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myotube differentiation / head development / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / cell development / protein localization to microtubule / axial mesoderm formation / dorsal/ventral axis specification / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of TORC2 signaling / autosome genomic imprinting / positive regulation of cilium assembly / post-anal tail morphogenesis / beta-catenin destruction complex / meiosis I / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / tau-protein kinase / myoblast fusion / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / cellular response to interleukin-3 / I-SMAD binding / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / phosphorylation / Wnt signalosome / axon extension / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / meiotic spindle / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / nucleocytoplasmic transport / negative regulation of protein metabolic process / tau-protein kinase activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to glucocorticoid stimulus / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / ER overload response / glycogen metabolic process / negative regulation of fat cell differentiation / SMAD binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of neuron projection development / dynein complex binding / fat cell differentiation / R-SMAD binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / lateral plasma membrane / epithelial to mesenchymal transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of axon extension / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / signaling adaptor activity / cytoplasmic microtubule organization / cytoskeleton organization / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / TCF dependent signaling in response to WNT / axonogenesis / protein serine/threonine kinase binding / protein export from nucleus / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / Degradation of AXIN / animal organ morphogenesis / positive regulation of protein export from nucleus / dendritic shaft
類似検索 - 分子機能
Axin beta-catenin binding / Axin-1/2, tankyrase-binding domain / Axin-like / Axin beta-catenin binding motif / Axin-1 tankyrase binding domain / DIX domain / RGS, subdomain 1/3 / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. ...Axin beta-catenin binding / Axin-1/2, tankyrase-binding domain / Axin-like / Axin beta-catenin binding motif / Axin-1 tankyrase binding domain / DIX domain / RGS, subdomain 1/3 / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / NITRATE ION / Axin-1 / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chu, M.L.-H. / Stamos, J.L. / Enos, M.D. / Shah, N. / Weis, W.I.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structural basis of GSK-3 inhibition by N-terminal phosphorylation and by the Wnt receptor LRP6.
著者: Stamos, J.L. / Chu, M.L. / Enos, M.D. / Shah, N. / Weis, W.I.
履歴
登録2013年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Axin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8059
ポリマ－46,9992
非ポリマー8067
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.997, 80.997, 280.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 44260.605 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-383 with phosphoylated Ser9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsk3b / プラスミド: pET29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon-plus RIL
参照: UniProt: Q9WV60, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Axin-1 / Axis inhibition protein 1 / hAxin


分子量: 2738.144 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 383-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AXIN1, AXIN / プラスミド: Modified pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon-plus RIL / 参照: UniProt: O15169

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非ポリマー , 6種, 105分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#7: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 35,000, 20mM Tris pH7.5, 300mM NaCl, 5% glycerol, 10mM MgCl2, 200uM ATP, and 5mM DTT, MICRODIALYSIS, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.76 Å / Num. all: 19925 / Num. obs: 19922 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 60.85 Å2 / Rsym value: 0.303 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 21.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Rsym value: 6.772 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.8データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NM3

4nm3


解像度: 2.5→40.498 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 974 4.91 %
Rwork0.1913 --
obs0.1939 19823 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.7733 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.498 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2935 0 49 98 3082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6334283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6011143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.63180.34981360.32782603X-RAY DIFFRACTION100
2.6318-2.79660.32681420.28952614X-RAY DIFFRACTION100
2.7966-3.01250.35031330.26532638X-RAY DIFFRACTION100
3.0125-3.31550.30891200.23132659X-RAY DIFFRACTION100
3.3155-3.7950.21891390.18042683X-RAY DIFFRACTION100
3.795-4.78010.22161490.14422724X-RAY DIFFRACTION100
4.7801-40.50380.2151550.1742928X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.070.2075-3.54852.0188-0.71143.53330.0185-1.43712.41611.76721.6975-2.42430.23671.4055-2.0831.5215-0.2207-0.14411.8291-0.40341.5381-21.834845.0296-22.8722
27.2342.4148-0.85598.0168-1.30713.739-0.0055-0.80730.84970.4515-0.16730.1715-0.4479-0.19260.17780.5085-0.12230.12190.6948-0.0090.601-14.975345.53062.0608
36.7607-2.7828-2.42096.9667-2.88143.4499-0.22770.18840.33870.5716-0.7869-2.0778-1.0605-0.27960.94711.1336-0.0757-0.1691.5887-0.13661.4187-25.200446.475-15.7124
46.6714-1.1806-3.46018.02894.82126.08720.37030.30480.19610.412-0.5690.8870.3216-0.6830.18370.4915-0.12410.05370.69640.10360.5091-17.889839.9169-3.846
53.30281.31630.25985.16990.13895.04110.0274-0.0699-0.19490.1277-0.0291-0.00890.4932-0.30610.01220.5027-0.002-0.04680.4599-0.02390.45-5.655233.138-14.4699
63.12120.6346-0.93542.4542-1.03835.79930.02290.0029-0.5247-0.25370.01850.02850.9850.0834-0.06560.60020.0109-0.10580.3717-0.09210.5421-3.722726.7658-24.9203
72.1954-0.0803-2.53892.51-3.39418.29790.1950.98150.4549-0.3637-0.2142-0.0483-0.72160.0268-0.05010.8596-0.1185-0.10280.53450.02060.6552-4.244643.2426-44.1084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 11 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 96 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 136 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 137 through 218 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 219 through 383 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 383 through 401 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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