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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ntj | ||||||
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タイトル | Structure of the human P2Y12 receptor in complex with an antithrombotic drug | ||||||
要素 | P2Y purinoceptor 12,Soluble cytochrome b562,P2Y purinoceptor 12 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / human P2Y12 receptor / GPCR network / lipidic cubic phase / antithrombotic drug / GPCR / PSI-Biology / Structural Genomics / Signaling Protein / membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 visual system development / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / G protein-coupled ADP receptor activity / regulation of microglial cell migration / cerebral cortex radial glia-guided migration / P2Y receptors / cell body membrane / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of microglial cell migration ...visual system development / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / G protein-coupled ADP receptor activity / regulation of microglial cell migration / cerebral cortex radial glia-guided migration / P2Y receptors / cell body membrane / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of microglial cell migration / G protein-coupled adenosine receptor activity / hemostasis / cell projection membrane / regulation of chemotaxis / positive regulation of chemotaxis / substrate-dependent cell migration, cell extension / cell projection organization / positive regulation of ruffle assembly / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium assembly / cellular response to ATP / response to axon injury / monoatomic ion transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / establishment of localization in cell / electron transport chain / calcium-mediated signaling / platelet activation / platelet aggregation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / cell surface / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, K. / Zhang, J. / Gao, Z.-G. / Zhang, D. / Zhu, L. / Han, G.W. / Moss, S.M. / Paoletta, S. / Kiselev, E. / Lu, W. ...Zhang, K. / Zhang, J. / Gao, Z.-G. / Zhang, D. / Zhu, L. / Han, G.W. / Moss, S.M. / Paoletta, S. / Kiselev, E. / Lu, W. / Fenalti, G. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jacobson, K.A. / Stevens, R.C. / Wu, B. / Zhao, Q. / GPCR Network (GPCR) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Structure of the human P2Y12 receptor in complex with an antithrombotic drug 著者: Zhang, K. / Zhang, J. / Gao, Z.-G. / Zhang, D. / Zhu, L. / Han, G.W. / Moss, S.M. / Paoletta, S. / Kiselev, E. / Lu, W. / Fenalti, G. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / ...著者: Zhang, K. / Zhang, J. / Gao, Z.-G. / Zhang, D. / Zhu, L. / Han, G.W. / Moss, S.M. / Paoletta, S. / Kiselev, E. / Lu, W. / Fenalti, G. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jacobson, K.A. / Stevens, R.C. / Wu, B. / Zhao, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ntj.cif.gz | 170.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ntj.ent.gz | 133.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ntj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ntj_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ntj_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ntj_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ntj_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53248.879 Da / 分子数: 1 / 変異: D294N, M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Chimera protein of N-terminal residues 2-223 from P2Y12R (P2Y12_HUMAN), Soluble cytochrome b562 (C562_ECOLX), and C-terminal residues 224-342 from P2Y12R (P2Y12_HUMAN). 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: P2RY12, HORK3, cybC / プラスミド: pFASTBAC1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q9H244, UniProt: P0ABE7 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-AZJ / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 15 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 0.05-0.15M ammonium formate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.0-6.5, 25-35% PEG 400, 200M AZD1283, Lipidic Cubic Phase, temperature 293K PH範囲: 6.0-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月23日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 19116 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 84.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.958 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 1608 / % possible all: 79.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3VW7 (PAR1), PDB ENTRY 1M6T (BRIL) 解像度: 2.62→26.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9456 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9344 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THERE ARE SOME UNKNOWN DENSITIES. LOCATED NEAR THE SIDE CHAIN OF TYR 32. THEY HAVE NOT BEEN MODELLED.
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原子変位パラメータ | Biso max: 225.79 Å2 / Biso mean: 106.1 Å2 / Biso min: 64.32 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.549 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→26.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.62→2.76 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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