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- PDB-4ns2: Crystal structure of Horse heart ferric myoglobin; D44K/D60K/E85K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ns2
タイトルCrystal structure of Horse heart ferric myoglobin; D44K/D60K/E85K mutant
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Span, I. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Charge-Disproportionation Symmetry Breaking Creates a Heterodimeric Myoglobin Complex with Enhanced Affinity and Rapid Intracomplex Electron Transfer.
著者: Trana, E.N. / Nocek, J.M. / Woude, J.V. / Span, I. / Smith, S.M. / Rosenzweig, A.C. / Hoffman, B.M.
履歴
登録2013年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8563
ポリマ－17,1431
非ポリマー7132
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.820, 30.360, 56.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17142.961 Da / 分子数: 1 / 変異: D44K, D60K, E85K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.3 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→30.36 Å / Num. all: 48175 / Num. obs: 47934 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.18-1.213.70.70223476198.1
5.28-30.366.70.06342.2588199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YMB

1ymb


解像度: 1.18→28.26 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1942 1954 4.19 %RANDOM
Rwork0.1698 ---
obs0.1709 46602 96.7 %-
all-48175 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1201 0 48 113 1362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0871734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.977464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.18-1.20950.28811290.25832931X-RAY DIFFRACTION90
1.2095-1.24220.2611310.2383018X-RAY DIFFRACTION92
1.2422-1.27880.2731350.21133000X-RAY DIFFRACTION92
1.2788-1.320.19821350.1963081X-RAY DIFFRACTION94
1.32-1.36720.23711380.18183122X-RAY DIFFRACTION96
1.3672-1.4220.18221390.16593185X-RAY DIFFRACTION97
1.422-1.48670.18111410.14933225X-RAY DIFFRACTION98
1.4867-1.56510.17921400.13713212X-RAY DIFFRACTION98
1.5651-1.66310.19721420.14173268X-RAY DIFFRACTION99
1.6631-1.79150.16521440.14593297X-RAY DIFFRACTION99
1.7915-1.97170.16221420.14993267X-RAY DIFFRACTION99
1.9717-2.25690.13891450.15313303X-RAY DIFFRACTION100
2.2569-2.84310.17681430.1723320X-RAY DIFFRACTION100
2.8431-28.26830.22251500.18013419X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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