PDB-3rjn: Horse heart myoglobin: D44K/D60K mutant with zinc (II) -deuteropo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rjn

タイトル

Horse heart myoglobin: D44K/D60K mutant with zinc (II) -deuteroporphyrin dimethyl ester

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Smith, S.M. / Rosenzweig, A.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Horse heart myoglobin: D44K/D60K mutant with zinc (II) -deuteroporphyrin dimethyl ester
著者: Knutson, A.K. / Smith, S.M. / Rosenzweig, A.C. / Hoffman, B.M.

履歴

登録	2011年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rjn.cif.gz	46.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rjn.ent.gz	33 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rjn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rjn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3rjn_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	3rjn_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/3rjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/3rjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a6n 1ymb 2in4 3rj6
類似構造データ	5ycj-1 1m6m-1 5cnf-d 1npg-d 2myd-d 1mwc-2 2bli-d 1pmb-2 1n9i-d 2mge-d 2o5t-d 2v1j-d 5cnb-d 1npf-d 5hlx-d 3h57-d 6e04-d 5zze-d 1dwt-d 2d6c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Myoglobin

ヘテロ分子

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.814, 30.537, 56.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17011.699 Da / 分子数: 1 / 変異: D44K, D60K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HE5 / ZINC(II)-DEUTEROPORPHYRIN DIMETHYLESTER / ZND-DME 分子量: 604.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₄N₄O₄Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.3 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→56.17 Å / Num. all: 11189 / Num. obs: 11154 / % possible obs: 99.69 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 %
反射シェル	解像度: 1.9→1.948 Å / % possible all: 98.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→56.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.23 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22769	556	4.7 %	RANDOM
R_work	0.1751	-	-	-
obs	0.17743	11154	99.69 %	-
all	-	11189	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1199	0	51	62	1312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.907	2.045	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.345	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.195	25.094	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.379	15	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.629	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.239	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.277	1.5	765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.214	2	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.665	3	585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.643	4.5	624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	51	-
R_work	0.179	804	-
obs	-	-	98.84 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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