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万見
- PDB-1jpb: Sperm Whale met-Myoglobin (low temperature; high pressure) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpb
タイトルSperm Whale met-Myoglobin (low temperature; high pressure)
要素myoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Urayama, P. / Gruner, S.M. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Probing substates in sperm whale myoglobin using high-pressure crystallography.
著者: Urayama, P. / Phillips Jr., G.N. / Gruner, S.M.
履歴
登録2001年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2366
ポリマ－17,2351
非ポリマー1,0015
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.800, 30.700, 34.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 myoglobin


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.63 %
解説: 95K; 200MPa; pH6; slow cooled (1.7 K/s) to 77K while under 200MPa
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 6 / 詳細: ammonium sulfate, pH 6, batch, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: batch method / PH range low: 6 / PH range high: 5.5
溶液の組成
*PLUS
濃度: 72-78 %sat / 一般名: ammonium sulfate / 詳細: pH5.5-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9503 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9503 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→26.5 Å / Num. all: 14459 / Num. obs: 14459 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 1.68→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 2713 / % possible all: 99
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
DPSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1VXH

1vxh


解像度: 1.7→26.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 578524.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: residues 152 and 153 were disordered
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1395 9.9 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs-14136 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.1254 Å2 / ksol: 0.428176 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.01 Å20 Å21.13 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---1.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-26.54 Å
Luzzati sigma a0.13 Å-0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1203 0 63 146 1412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.122.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 241 10.2 %
Rwork0.221 2118 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HEME.PARAMHEME.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SO4.PARAMSO4.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 26.5 Å / Num. reflection obs: 14137 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.969
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.122.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.291 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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