PDB-1jpb: Sperm Whale met-Myoglobin (low temperature; high pressure)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jpb

タイトル

Sperm Whale met-Myoglobin (low temperature; high pressure)

要素

myoglobin

ミオグロビン

キーワード

OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase activity /

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する /

筋形質 /

酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals /

peroxidase activity /

oxygen carrier activity /

oxygen binding /

heme binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Physeter catodon (マッコウクジラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Urayama, P. / Gruner, S.M. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Probing substates in sperm whale myoglobin using high-pressure crystallography.
著者: Urayama, P. / Phillips Jr., G.N. / Gruner, S.M.

履歴

登録	2001年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jpb.cif.gz	48.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jpb.ent.gz	33.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/1jpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/1jpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jp6C 1jp8C 1jp9C 1vxhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3heo-d 4mxk-d 2zt0-d 5ych-d 1jp9-d 1ajg-d 1mni-2 3e5o-d 2myc-d 1cik-d 1j52-d 1mlo-d 1dwt-d 4it8-d 1mlg-d 5azr-d 2zss-d 6ls8-4 2nsr-d 5cmv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: myoglobin

ヘテロ分子

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.800, 30.700, 34.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	myoglobin / ミオグロビン分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.63 % 解説: 95K; 200MPa; pH6; slow cooled (1.7 K/s) to 77K while under 200MPa
結晶化	温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 6 / 詳細: ammonium sulfate, pH 6, batch, temperature 298K
結晶化	PLUS 手法: batch method / PH range low: 6 / PH range high*: 5.5
溶液の組成	PLUS 濃度: 72-78 %sat / 一般名*: ammonium sulfate / 詳細: pH5.5-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9503 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月2日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9503 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→26.5 Å / Num. all: 14459 / Num. obs: 14459 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 3.8
反射シェル	解像度: 1.68→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 2713 / % possible all: 99
反射	*PLUS
反射シェル	PLUS % possible obs*: 99 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
DPS		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 1VXH

1vxh

解像度: 1.7→26.33 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 578524.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: residues 152 and 153 were disordered

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1395	9.9 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	-	14136	98.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 30.1254 Å² / k_sol: 0.428176 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.01 Å²	0 Å²	1.13 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.69 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.23 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	26.54 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	-0.04 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1203	0	63	146	1412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	16.8
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.02
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.13	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.62	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.13	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.12	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.81 Å / R_factor R_free error: 0.019 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	241	10.2 %
R_work	0.221	2118	-
obs	-	-	98.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	HEME.PARAM	HEME.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	SO4.PARAM	SO4.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最低解像度: 26.5 Å / Num. reflection obs: 14137 / σ(F): 2 / % reflection R_free: 9.9 % / R_factor obs: 0.21 / R_factor R_free: 0.238

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 14.9 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	0.969
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	16.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.02
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.13	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.13	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.62	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.12	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.291 / % reflection R_free: 10.2 % / R_factor R_work: 0.221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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