PDB-4nr2: Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nr2

タイトル

Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain

要素

Serine/threonine-protein kinase 4

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / SARAH domain / STK3 / MST2 / heptad repeat / STK4 / MST1

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of hepatocyte apoptotic process / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth ...positive regulation of hepatocyte apoptotic process / regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / Signaling by Hippo / organ growth / branching involved in blood vessel morphogenesis / hepatocyte apoptotic process / regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of fat cell differentiation / canonical Wnt signaling pathway / keratinocyte differentiation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / protein serine/threonine kinase activator activity / central nervous system development / epithelial cell proliferation / protein tetramerization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of protein phosphorylation / protein autophosphorylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / intracellular signal transduction / nuclear body / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Krojer, T. / Kopec, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain
著者: Chaikuad, A. / Krojer, T. / Kopec, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2013年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4nr2.ent.gz	154.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l0n
類似構造データ	4oh9-d 3vmz-2 3wws-1 3vmx-2 4hkd-2 3vmy-2 5f9i-2 4hkd-1 3wws-2 3vmz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
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#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase 4

B: Serine/threonine-protein kinase 4

C: Serine/threonine-protein kinase 4

D: Serine/threonine-protein kinase 4

E: Serine/threonine-protein kinase 4

F: Serine/threonine-protein kinase 4

G: Serine/threonine-protein kinase 4

H: Serine/threonine-protein kinase 4

ヘテロ分子

50.2 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase 4

B: Serine/threonine-protein kinase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Serine/threonine-protein kinase 4

D: Serine/threonine-protein kinase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Serine/threonine-protein kinase 4

F: Serine/threonine-protein kinase 4

ヘテロ分子

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12.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Serine/threonine-protein kinase 4

H: Serine/threonine-protein kinase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.260, 63.750, 144.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	434 - 479	5 - 50
2	1	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	434 - 479	5 - 50
1	2	SER	SER	LYS	LYS	A	A	-1 - 480	1 - 51
2	2	SER	SER	LYS	LYS	C	C	-1 - 480	1 - 51
1	3	ASP	ASP	ALA	ALA	A	A	432 - 479	3 - 50
2	3	ASP	ASP	ALA	ALA	D	D	432 - 479	3 - 50
1	4	SER	SER	LYS	LYS	A	A	-1 - 480	1 - 51
2	4	SER	SER	LYS	LYS	E	E	-1 - 480	1 - 51
1	5	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	434 - 479	5 - 50
2	5	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	434 - 479	5 - 50
1	6	SER	SER	LYS	LYS	A	A	-1 - 480	1 - 51
2	6	SER	SER	LYS	LYS	G	G	-1 - 480	1 - 51
1	7	SER	SER	LYS	LYS	A	A	-1 - 480	1 - 51
2	7	SER	SER	LYS	LYS	H	H	-1 - 480	1 - 51
1	8	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	434 - 479	5 - 50
2	8	GLU	GLU	ALA	ALA	C	C	434 - 479	5 - 50
1	9	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	434 - 479	5 - 50
2	9	GLU	GLU	ALA	ALA	D	D	434 - 479	5 - 50
1	10	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	434 - 479	5 - 50
2	10	GLU	GLU	ALA	ALA	E	E	434 - 479	5 - 50
1	11	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	434 - 480	5 - 51
2	11	GLU	GLU	LYS	LYS	F	F	434 - 480	5 - 51
1	12	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	434 - 479	5 - 50
2	12	GLU	GLU	ALA	ALA	G	G	434 - 479	5 - 50
1	13	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	434 - 479	5 - 50
2	13	GLU	GLU	ALA	ALA	H	H	434 - 479	5 - 50
1	14	ASP	ASP	ALA	ALA	C	C	432 - 479	3 - 50
2	14	ASP	ASP	ALA	ALA	D	D	432 - 479	3 - 50
1	15	SER	SER	LYS	LYS	C	C	-1 - 480	1 - 51
2	15	SER	SER	LYS	LYS	E	E	-1 - 480	1 - 51
1	16	GLU	GLU	ALA	ALA	C	C	434 - 479	5 - 50
2	16	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	434 - 479	5 - 50
1	17	SER	SER	LYS	LYS	C	C	-1 - 480	1 - 51
2	17	SER	SER	LYS	LYS	G	G	-1 - 480	1 - 51
1	18	SER	SER	LYS	LYS	C	C	-1 - 480	1 - 51
2	18	SER	SER	LYS	LYS	H	H	-1 - 480	1 - 51
1	19	ASP	ASP	ALA	ALA	D	D	432 - 479	3 - 50
2	19	ASP	ASP	ALA	ALA	E	E	432 - 479	3 - 50
1	20	GLU	GLU	ALA	ALA	D	D	434 - 479	5 - 50
2	20	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	434 - 479	5 - 50
1	21	ASP	ASP	ALA	ALA	D	D	432 - 479	3 - 50
2	21	ASP	ASP	ALA	ALA	G	G	432 - 479	3 - 50
1	22	ASP	ASP	ALA	ALA	D	D	432 - 479	3 - 50
2	22	ASP	ASP	ALA	ALA	H	H	432 - 479	3 - 50
1	23	GLU	GLU	ALA	ALA	E	E	434 - 479	5 - 50
2	23	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	434 - 479	5 - 50
1	24	SER	SER	LYS	LYS	E	E	-1 - 480	1 - 51
2	24	SER	SER	LYS	LYS	G	G	-1 - 480	1 - 51
1	25	SER	SER	LYS	LYS	E	E	-1 - 480	1 - 51
2	25	SER	SER	LYS	LYS	H	H	-1 - 480	1 - 51
1	26	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	434 - 479	5 - 50
2	26	GLU	GLU	ALA	ALA	G	G	434 - 479	5 - 50
1	27	GLU	GLU	ALA	ALA	F	F	434 - 479	5 - 50
2	27	GLU	GLU	ALA	ALA	H	H	434 - 479	5 - 50
1	28	SER	SER	LYS	LYS	G	G	-1 - 480	1 - 51
2	28	SER	SER	LYS	LYS	H	H	-1 - 480	1 - 51

NCSアンサンブル:

詳細

the asymmetric unit consists of four dimers

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase 4 / Mammalian STE20-like protein kinase 1 / MST-1 / STE20-like kinase MST1 / Serine/threonine-protein ...Mammalian STE20-like protein kinase 1 / MST-1 / STE20-like kinase MST1 / Serine/threonine-protein kinase Krs-2 / Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit / MST1/N / Serine/threonine-protein kinase 4 18kDa subunit / MST1/C 分子量: 6194.113 Da / 分子数: 8 / 断片: SARAH domain, UNP residues 432-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRS2, MST1, STK4 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 参照: UniProt: Q13043, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月19日
放射	モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→63.75 Å / Num. all: 34708 / Num. obs: 34702 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4951 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→55.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 10.132 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24033	1736	5 %	RANDOM
R_work	0.2069	-	-	-
all	0.264	34702	-	-
obs	0.20866	32937	98.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.839 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.77 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.66 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.295 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→55.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3358	0	40	223	3621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	3524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.592	2.002	4720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.596	3	8163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.84	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.188	25.401	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.092	15	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.799	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.252	2.603	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.251	2.602	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.256	3.866	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.255	3.868	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.826	3.095	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.825	3.095	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.005	4.447	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.776	21.695	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.775	21.703	4287

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	2244	0.16
1	2	B	2244	0.16
2	1	A	2724	0.12
2	2	C	2724	0.12
3	1	A	2447	0.15
3	2	D	2447	0.15
4	1	A	2753	0.1
4	2	E	2753	0.1
5	1	A	2345	0.15
5	2	F	2345	0.15
6	1	A	2534	0.16
6	2	G	2534	0.16
7	1	A	2749	0.11
7	2	H	2749	0.11
8	1	B	2329	0.13
8	2	C	2329	0.13
9	1	B	2340	0.11
9	2	D	2340	0.11
10	1	B	2294	0.13
10	2	E	2294	0.13
11	1	B	2459	0.1
11	2	F	2459	0.1
12	1	B	2364	0.12
12	2	G	2364	0.12
13	1	B	2303	0.13
13	2	H	2303	0.13
14	1	C	2480	0.13
14	2	D	2480	0.13
15	1	C	2733	0.08
15	2	E	2733	0.08
16	1	C	2353	0.13
16	2	F	2353	0.13
17	1	C	2536	0.15
17	2	G	2536	0.15
18	1	C	2776	0.1
18	2	H	2776	0.1
19	1	D	2482	0.12
19	2	E	2482	0.12
20	1	D	2469	0.1
20	2	F	2469	0.1
21	1	D	2479	0.14
21	2	G	2479	0.14
22	1	D	2474	0.14
22	2	H	2474	0.14
23	1	E	2359	0.12
23	2	F	2359	0.12
24	1	E	2536	0.16
24	2	G	2536	0.16
25	1	E	2754	0.08
25	2	H	2754	0.08
26	1	F	2446	0.12
26	2	G	2446	0.12
27	1	F	2335	0.13
27	2	H	2335	0.13
28	1	G	2548	0.16
28	2	H	2548	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	122	-
R_work	0.315	2401	-
obs	-	-	97.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7819	0.4488	1.1317	3.5192	-1.8495	5.1556	-0.0397	-0.0358	0.0602	-0.0763	0.2566	0.1148	0.0158	-0.383	-0.2169	0.0255	0.0414	0.0185	0.1983	0.023	0.128	43.238	41.994	57.564
2	2.83	-1.9469	4.5246	1.4607	-3.7038	14.2065	0.1116	-0.1607	-0.1435	-0.1076	0.1723	0.02	0.933	-0.3768	-0.2839	0.2562	0.0462	-0.0391	0.1396	-0.012	0.1218	52.613	27.295	86.358
3	13.3444	4.0185	9.5293	1.2627	3.3837	12.175	-0.494	0.1455	-1.0748	-0.062	0.0554	-0.1996	0.4451	-0.3841	0.4386	0.9724	0.2622	0.0823	1.0356	0.001	0.4523	64.586	25.048	96.898
4	1.1557	-1.4579	2.8685	2.1593	-4.7905	11.8031	-0.0673	-0.0323	0.1424	0.1628	-0.0745	-0.1161	-0.3949	0.1209	0.1418	0.1166	-0.0267	0.0016	0.1846	-0.0111	0.1335	51.467	41.179	77.165
5	2.0076	-0.2068	-3.7882	0.3985	-0.2317	8.7559	0.1251	-0.1462	-0.1219	-0.1323	-0.0389	0.0817	0.141	0.2492	-0.0862	0.1667	0.0296	-0.0776	0.1651	-0.0024	0.1336	67.372	57.493	57.345
6	14.728	-0.3238	-10.6172	4.5243	4.4271	11.573	0.0362	-0.3009	-0.0325	-0.4911	-0.5357	0.6424	-0.5277	-0.2638	0.4995	0.122	-0.038	0.0054	0.36	0.0902	0.6025	51.361	53.846	84.979
7	3.2042	0.385	-6.2308	0.1565	-0.7359	14.9431	-0.1593	-0.2651	-0.4547	-0.0817	-0.1548	-0.028	0.8903	0.5599	0.3141	0.1848	0.101	-0.094	0.1724	0.0224	0.234	70.461	49.977	59.01
8	0.2281	-0.5134	-0.0102	2.1421	-2.5933	11.0217	0.0122	-0.0174	0.0336	-0.1878	0.0213	-0.018	0.3555	-0.0439	-0.0336	0.1611	-0.0012	-0.0093	0.112	0.0038	0.0804	47.753	34.56	50.306
9	0.0604	-0.1821	0.7404	3.5435	-5.2158	17.1565	-0.0746	0.0099	0.021	-0.1436	0.0366	-0.0897	-0.2255	0.6518	0.038	0.1732	-0.0097	-0.002	0.1669	-0.0054	0.1075	54.434	36.012	41.044
10	28.1977	14.4794	5.0718	7.7081	4.7754	18.4667	-0.0143	-1.3156	-0.2679	0.1027	-0.7593	-0.0171	0.4158	-0.8622	0.7736	1.1337	-0.299	0.1906	0.2047	-0.0003	0.2265	32.749	14.908	60.937
11	2.4935	1.6994	-5.2231	1.9182	-2.4082	12.7538	-0.0131	-0.1158	-0.0532	0.2802	0.0379	-0.1694	0.4096	0.4672	-0.0248	0.2386	0.0558	-0.0622	0.1514	0.0223	0.1158	51.333	22.845	36.712
12	2.0423	-3.1964	-2.439	7.1636	1.7412	6.8689	0.2512	0.0425	-0.1827	-0.5135	-0.1745	0.1155	-0.3813	0.2464	-0.0767	0.1035	-0.0467	-0.0051	0.0975	-0.0226	0.169	53.882	28.427	16.003
13	1.619	1.3599	-3.4993	2.0856	-2.189	10.4477	0.2003	-0.0091	0.1334	0.346	-0.0447	0.1366	0.1564	-0.1741	-0.1557	0.244	-0.107	0.0187	0.1539	0.0061	0.0965	39.563	25.628	43.891

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 457
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	458 - 480
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	434 - 439
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	440 - 480
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-1 - 480
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	432 - 446
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	447 - 480
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	-1 - 480
9	X-RAY DIFFRACTION	9	F	434 - 480
10	X-RAY DIFFRACTION	10	G	-1 - 445
11	X-RAY DIFFRACTION	11	G	446 - 480
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	-1 - 446
13	X-RAY DIFFRACTION	13	H	447 - 480

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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