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- PDB-3wws: Crystal structure of Serine/threonine-protein kinase 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wws
タイトルCrystal structure of Serine/threonine-protein kinase 3
要素(Serine/threonine-protein kinase 3) x 2
キーワードTRANSFERASE / WW45 / Hippo pathway / Homodimerization / Heterodomerization / SARAH domain / SAV1 / RASSF / LATS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / transcription regulator activator activity ...regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / transcription regulator activator activity / Signaling by Hippo / protein localization to centrosome / organ growth / hepatocyte apoptotic process / regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of fat cell differentiation / canonical Wnt signaling pathway / JNK cascade / protein serine/threonine kinase activator activity / central nervous system development / epithelial cell proliferation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein tetramerization / positive regulation of JNK cascade / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / magnesium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / : / p53-like tetramerisation domain superfamily / Few Secondary Structures ...: / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / : / p53-like tetramerisation domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Lee, S.J. / Song, J. / Yamashita, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Serine/threonine-protein kinase 3
著者: Lee, S.J. / Song, J. / Yamashita, E.
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Structure summary
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 3
D: Serine/threonine-protein kinase 3
C: Serine/threonine-protein kinase 3
B: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6924
ポリマ－24,6924
非ポリマー00
水64936
1
A: Serine/threonine-protein kinase 3
B: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4172
ポリマ－12,4172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area7200 Å2
手法PISA
2
D: Serine/threonine-protein kinase 3
C: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2752
ポリマ－12,2752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.831, 32.678, 55.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 3 / Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein ...Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein kinase Krs-1 / Serine/threonine-protein kinase 3 36kDa subunit / MST2/N / Serine/threonine-protein kinase 3 20kDa subunit / MST2/C


分子量: 6279.653 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 436-484 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK3, KRS1, MST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13188, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase 3 / Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein ...Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein kinase Krs-1 / Serine/threonine-protein kinase 3 36kDa subunit / MST2/N / Serine/threonine-protein kinase 3 20kDa subunit / MST2/C


分子量: 6137.498 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 436-484 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK3, KRS1, MST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13188, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.4. 10%(m/v) PEG3350, 0.1M (NH4)3PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2011年4月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60.67 Å / Num. all: 49626 / Num. obs: 43771 / % possible obs: 58.55 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXAutoSolモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 11.634 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31141 736 5.1 %RANDOM
Rwork0.269 ---
obs0.27108 13815 96.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.248 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.05 Å20 Å2-0.29 Å2
2--3.65 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1645 0 0 36 1681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221661
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.12.0172214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6045194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22924.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.23315357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8231520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7911.5992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5521583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6143669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.184.5631
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.20631661
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 54 -
Rwork0.355 977 -
obs--94.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5109-0.23511.43430.1127-0.18830.66220.17-0.0339-0.24790.0004-0.03410.04710.00560.0795-0.13590.09280.01840.00160.0827-0.00790.076913.743919.151844.7861
28.7025-3.02450.65061.2043-0.23310.08950.16220.0838-0.3331-0.1417-0.06440.13750.02520.0334-0.09780.10230.0649-0.01630.0728-0.02750.119853.633911.247932.0475
310.5753-2.71540.80280.7647-0.17330.21630.1015-0.04260.7065-0.0653-0.0483-0.19170.019-0.0092-0.05320.04450.04610.02040.05580.01090.168163.892516.274932.3427
413.00880.34532.61570.12580.01850.5689-0.016-0.71560.31740.0603-0.0079-0.0013-0.0401-0.13670.02390.10120.03240.01170.1411-0.05890.06553.357923.305749.5093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A434 - 484
2X-RAY DIFFRACTION2D436 - 484
3X-RAY DIFFRACTION3C436 - 484
4X-RAY DIFFRACTION4B436 - 484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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