PDB-4noz: Crystal Structure of an Organic Hydroperoxide Resistance Protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4noz

タイトル

Crystal Structure of an Organic Hydroperoxide Resistance Protein from Burkholderia cenocepacia

要素

Organic hydroperoxide resistance protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / OsmC-like protein / Organic hydroperoxide resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Dranow, D.M. / Lukacs, C.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of an Organic Hydroperoxide Resistance Protein from Burkholderia cenocepacia
著者: Dranow, D.M. / Lukacs, C.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Other
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4noz.cif.gz	123.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4noz.ent.gz	96.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4noz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4noz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4noz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zb8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hia-2 1y23-2 3ngm-3 3mbz-d 1hia-1 4ae7-d 3lli-d 3hp0-1 2bl9-d 2blb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.00074.d

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Organic hydroperoxide resistance protein

B: Organic hydroperoxide resistance protein

ヘテロ分子

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.190, 121.190, 64.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-418- HOH

#1: タンパク質	Organic hydroperoxide resistance protein 分子量: 15580.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: ohR, BceJ2315_63600, BCAS0085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EPK2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MCSG1(d2): 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris:HCl, pH=6.5, 25% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.22→99.6114 Å / Num. all: 24188 / Num. obs: 24096 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 36.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 32.67

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.22-2.28		0.466	5.7	16508	1753	100
2.28-2.34		0.407	6.38	16114	1698	99.7
2.34-2.41		0.317	8.13	15853	1677	99.9
2.41-2.48		0.301	8.7	15140	1606	99.8
2.48-2.56		0.231	11.37	14825	1563	99.8
2.56-2.65		0.182	14.11	14185	1513	99.8
2.65-2.75		0.145	17.22	13816	1478	99.9
2.75-2.87		0.113	21.17	13163	1415	100
2.87-2.99		0.095	24.86	12685	1374	100
2.99-3.14		0.072	31.39	11765	1291	99.8
3.14-3.31		0.054	40.49	10992	1242	99.9
3.31-3.51		0.042	47.39	10369	1190	99.8
3.51-3.75		0.034	57.45	9595	1117	99.8
3.75-4.05		0.029	66.48	8751	1048	99.8
4.05-4.44		0.026	71.9	7933	959	99.6
4.44-4.96		0.022	80.61	7180	877	99.1
4.96-5.73		0.024	75.32	6299	787	99.2
5.73-7.02		0.022	74.65	5299	666	99
7.02-9.93		0.018	91.67	4182	534	98.3
	9.93	0.016	102.18	2259	308	91.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ZB8

1zb8

解像度: 2.22→85.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.1732 / WR_factor R_work: 0.1456 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8841 / SU B: 6.568 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.1539 / SU R_free: 0.1422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1951	1226	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1616	-	-	-
all	0.1633	25322	-	-
obs	0.1633	24096	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.97 Å² / B_iso mean: 33.583 Å² / B_iso min: 10.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→85.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2092	0	28	237	2357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.974	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.719	3	4886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.585	5	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.242	23.086	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.904	15	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.705	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.219	1.795	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.206	1.793	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.967	2.681	1450

LS精密化シェル

解像度: 2.22→2.278 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	103	-
R_work	0.19	1649	-
all	-	1752	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9629	-0.4779	-0.7846	4.1953	1.2282	1.2635	0.0458	0.3287	0.0185	-0.2983	-0.038	-0.2097	-0.0555	-0.004	-0.0079	0.0829	0.0189	0.032	0.1481	0.0085	0.1115	46.445	19.6498	12.1151
2	0.8573	0.7836	0.4252	2.802	1.8787	2.0593	-0.0053	-0.038	-0.081	-0.0337	0.0855	-0.1781	0.0181	0.0905	-0.0802	0.0802	0.0349	-0.0124	0.0944	-0.0013	0.153	39.6385	14.8056	24.5566
3	2.7008	0.7994	2.9152	1.4975	1.2528	5.5994	0.0337	-0.1416	-0.2545	0.1478	0.0436	-0.0289	0.2172	-0.0872	-0.0773	0.0632	0.0521	-0.0006	0.0896	0.0283	0.1091	34.629	15.8972	32.0792
4	1.4634	-0.1465	0.3647	1.1635	0.3199	2.0518	0.0039	-0.0821	0.0061	0.0151	0.02	-0.0566	-0.0031	-0.0095	-0.0239	0.0759	0.0281	-0.0121	0.0958	0.0012	0.1252	33.4825	23.6553	31.3156
5	1.9535	-0.4458	0.0951	1.67	0.0891	0.9511	-0.0455	-0.0371	-0.2762	0.0219	0.0695	-0.0504	-0.0068	0.0139	-0.024	0.0519	0.0175	-0.0032	0.0415	0.0043	0.08	35.7838	13.2373	24.9468
6	4.2547	1.4392	2.2693	0.9202	1.1559	2.6856	0.1184	0.2247	-0.1681	-0.1392	-0.0599	-0.1803	0.0169	-0.1419	-0.0585	0.1377	0.0368	0.0046	0.1773	-0.0111	0.1455	40.326	17.1403	12.2307
7	1.3364	0.3611	0.3179	2.6426	3.5031	6.8894	0.0716	0.4519	0.094	-0.2083	0.0275	-0.1839	-0.0544	0.013	-0.0991	0.1174	0.0327	0.0428	0.2323	0.0418	0.0929	39.4364	22.5954	6.8247
8	3.2735	-0.0399	-0.7026	1.7428	0.9062	1.5509	0.1415	0.6056	0.0784	-0.2752	-0.0531	0.0099	-0.1675	-0.2597	-0.0884	0.1513	0.0525	-0.0464	0.2473	0.0221	0.079	31.0955	21.7529	7.0782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	75 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	113 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-6 - 34
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	35 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	76 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	112 - 141

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