+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nmv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptide iCAL36(BRB-K-1) (ANSRWPTS[4-bromobenzoic-acyl-K]I) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | protein transport/inhibitor / CAL / GOPC / PIST / FIG / CFTR / PDZ / PDZ-peptide / protein transport-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / trans-Golgi network transport vesicle / molecular sequestering activity / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / trans-Golgi network transport vesicle / molecular sequestering activity / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / dendrite / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amacher, J.F. / Madden, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Chemically Modified Peptide Scaffolds Target the CFTR-Associated Ligand PDZ Domain. 著者: Amacher, J.F. / Zhao, R. / Spaller, M.R. / Madden, D.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 64.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | CAL PDZ domain bound to decameric peptide |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 284-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 31% (w/v) polyethylene glycol (PEG), 0.1 M sodium chloride, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: S1 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→19.5 Å / Num. all: 34036 / Num. obs: 33913 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 7.8 / Observed criterion σ(I): 25.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4E34 解像度: 1.4→19.5 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: omit peptide density / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.36 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.489 Å2 / ksol: 0.428 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|