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万見
- PDB-4nmp: CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptide iCAL36(A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nmp
タイトルCFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptide iCAL36(Ac-K-3) (ANSRWP[Ac-K]SII)
要素
  • Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
  • iCAL36(Ac-K-3) peptide
キーワードprotein transport/inhibitor / CAL / GOPC / PIST / FIG / PDZ domain / PDZ-peptide complex / CFTR / CFTR associated ligand / protein transport-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi to plasma membrane transport / Golgi-associated vesicle membrane / trans-Golgi network transport vesicle / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / molecular sequestering activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi to plasma membrane transport / Golgi-associated vesicle membrane / trans-Golgi network transport vesicle / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / molecular sequestering activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / dendrite / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
iCAL36(Ac-K-3) peptide / Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Amacher, J.F. / Madden, D.R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Chemically Modified Peptide Scaffolds Target the CFTR-Associated Ligand PDZ Domain.
著者: Amacher, J.F. / Zhao, R. / Spaller, M.R. / Madden, D.R.
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: iCAL36(Ac-K-3) peptide
D: iCAL36(Ac-K-3) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3206
ポリマ－21,1364
非ポリマー1842
水3,801211
1
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: iCAL36(Ac-K-3) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6603
ポリマ－10,5682
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5170 Å2
手法PISA
2
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
D: iCAL36(Ac-K-3) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6603
ポリマ－10,5682
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.924, 47.659, 97.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / CFTR-associated ligand / Fused in glioblastoma / PDZ protein interacting specifically with TC10 / PIST


分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 284-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9HD26
#2: タンパク質・ペプチド iCAL36(Ac-K-3) peptide


タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1214.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: iCAL36(Ac-K-3) peptide
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 34% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月18日
放射モノクロメーター: S1 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→19.5 Å / Num. all: 41906 / Num. obs: 41733 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 8.4 / Observed criterion σ(I): 29.31 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 29.31
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.3-1.374.9366770.672198.7
1.38-1.466.99590848.4199.5
1.47-1.5810.49601132199.6
1.59-1.7316.4535520.1199.9
1.74-1.9326.22485911.7199.9
1.94-2.2346.0344426.21100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4E34

4e34


解像度: 1.3→19.456 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2003 2094 5.02 %In thin shells
Rwork0.1807 ---
obs0.1818 41732 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.698 Å2 / ksol: 0.449 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1005 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.7255 Å2-0 Å2
3----0.375 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1456 0 12 211 1679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0762100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.488585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.33030.27641050.25812605X-RAY DIFFRACTION98
1.3303-1.36350.23162050.2232503X-RAY DIFFRACTION99
1.3635-1.40040.22511050.20082630X-RAY DIFFRACTION100
1.4004-1.44160.20091050.19042644X-RAY DIFFRACTION100
1.4416-1.48810.20992090.17812527X-RAY DIFFRACTION99
1.4881-1.54120.20831050.1652635X-RAY DIFFRACTION100
1.5412-1.60290.1921050.16722640X-RAY DIFFRACTION100
1.6029-1.67580.19822010.16072569X-RAY DIFFRACTION100
1.6758-1.76410.21781140.16922669X-RAY DIFFRACTION100
1.7641-1.87460.1941050.17052677X-RAY DIFFRACTION100
1.8746-2.01920.20271730.16572608X-RAY DIFFRACTION100
2.0192-2.22210.18571420.17542670X-RAY DIFFRACTION100
2.2221-2.54310.21811050.18012723X-RAY DIFFRACTION100
2.5431-3.20170.21432100.18822646X-RAY DIFFRACTION100
3.2017-19.45780.15411050.18122892X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17890.02410.18070.2707-0.01560.4145-0.00120.01150.0229-0.028-0.00980.002-0.00820.02050.00360.0393-0.0055-0.00210.03340.0040.03793.661119.649314.1224
20.32420.13540.38770.44890.24940.50810.0466-0.0241-0.00360.0974-0.01530.00420.0744-0.00820.00780.0457-0.00460.00030.03220.00040.02947.575720.99438.3024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 284:370 )A284 - 370
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 284:370 )B284 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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