PDB-4nl9: Crystal structure of the human Anks3-SAM/Anks6-SAM heterodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nl9

タイトル

Crystal structure of the human Anks3-SAM/Anks6-SAM heterodimer

要素

Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 3
Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 6

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / SAM domain / protein-protein interaction domain / heterodimer / SamCystin / polycystic kidney disease

機能・相同性

機能・相同性情報

embryo development ending in birth or egg hatching / cilium / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Leettola, C.N. / Cascio, D. / Bowie, J.U.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Characterization of the SAM domain of the PKD-related protein ANKS6 and its interaction with ANKS3.
著者: Leettola, C.N. / Knight, M.J. / Cascio, D. / Hoffman, S. / Bowie, J.U.

履歴

登録	2013年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nl9.cif.gz	118.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nl9.ent.gz	92.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nl9_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nl9_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	4nl9_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	4nl9_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nj8SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iim-d 3mkl-2 1zv4-d 4h0k-d 1bvq-d 6lhn-1 5w4j-d 2sem-d 1sem-d 3i4o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 3

B: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 3

C: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 6

D: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 6

ヘテロ分子

31.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 3

C: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 6

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 3

D: Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.700, 108.520, 101.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-122- HOH

#1: タンパク質	Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 3 分子量: 8050.185 Da / 分子数: 2 / 断片: SAM Domain, UNP residues 421- 490 / 変異: I36E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANKS3, KIAA1977 / プラスミド: pHis-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q6ZW76
#2: タンパク質	Ankyrin repeat and SAM domain-containing protein 6 / Ankyrin repeat domain-containing protein 14 / SamCystin / Sterile alpha motif domain-containing ...Ankyrin repeat domain-containing protein 14 / SamCystin / Sterile alpha motif domain-containing protein 6 / SAM domain-containing protein 6 分子量: 7892.806 Da / 分子数: 2 / 断片: SAM Domain, UNP residues 771-840 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANKRD14, ANKS6, PKDR1, SAMD6 / プラスミド: pHis-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q68DC2
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化	温度: 298 K 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法, streak seeding pH: 8 詳細: 31.5% PEG-4000, 100mM Tris, 0.25M magnesium chloride, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, streak seeding, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→100 Å / Num. obs: 42244 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.32 % / B_iso Wilson estimate: 16.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.83

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.54	0.371	4.16	15035	3042	1	96.9
1.54-1.58	0.323	5.17	16729	3030	1	99.8
1.58-1.63	0.281	5.99	16440	2956	1	99.9
1.63-1.68	0.229	7	15608	2868	1	99.7
1.68-1.73	0.196	7.87	14312	2794	1	99.7
1.73-1.79	0.172	9.53	15214	2709	1	99.8
1.79-1.86	0.14	11.34	14666	2618	1	99.9
1.86-1.94	0.132	12.57	12811	2442	1	97.3
1.94-2.02	0.099	15.2	12652	2391	1	99.1
2.02-2.12	0.083	17.25	11860	2315	1	99.4
2.12-2.23	0.074	20.06	11988	2177	1	99.5
2.23-2.37	0.069	21.3	10660	2063	1	97
2.37-2.53	0.062	22.51	10205	1931	1	99.3
2.53-2.74	0.057	23.54	9074	1818	1	98.2
2.74-3	0.054	26.02	9284	1701	1	99.4
3-3.35	0.049	28.1	8104	1511	1	98.8
3.35-3.87	0.048	28.33	6594	1337	1	96.5
3.87-4.74	0.044	30.95	6250	1138	1	96.6
4.74-6.7	0.042	29.88	4835	895	1	95.8
6.7-100	0.039	30.48	2651	508	1	91.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.88 Å
Translation	2.5 Å	47.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 4NJ8

4nj8

解像度: 1.5→50.87 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8701 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2048	4221	10 %	RANDOM
R_work	0.1798	-	-	-
obs	0.1823	42203	98.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.23 Å² / B_iso mean: 22.7039 Å² / B_iso min: 11.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1952	0	1	246	2199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	2657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	310
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	340
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.472	753

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.5-1.516	0.2192	132	0.212	1188	1320	1320	93
1.516-1.5339	0.238	139	0.1969	1247	1386	1386	100
1.5339-1.5526	0.2553	142	0.193	1277	1419	1419	100
1.5526-1.5722	0.2236	139	0.1816	1248	1387	1387	100
1.5722-1.5929	0.2146	142	0.1916	1284	1426	1426	100
1.5929-1.6148	0.2146	140	0.18	1255	1395	1395	100
1.6148-1.6378	0.2272	142	0.1805	1282	1424	1424	100
1.6378-1.6623	0.2153	139	0.1843	1251	1390	1390	100
1.6623-1.6883	0.2304	140	0.1828	1262	1402	1402	100
1.6883-1.7159	0.2291	141	0.182	1264	1405	1405	100
1.7159-1.7455	0.2242	141	0.1876	1267	1408	1408	99
1.7455-1.7773	0.228	140	0.1917	1264	1404	1404	100
1.7773-1.8114	0.2323	143	0.1839	1290	1433	1433	100
1.8114-1.8484	0.2271	141	0.1953	1264	1405	1405	100
1.8484-1.8886	0.2238	140	0.1931	1256	1396	1396	100
1.8886-1.9326	0.2931	137	0.2214	1241	1378	1378	96
1.9326-1.9809	0.2513	140	0.1918	1253	1393	1393	99
1.9809-2.0344	0.1901	141	0.184	1271	1412	1412	99
2.0344-2.0943	0.1873	141	0.1827	1266	1407	1407	99
2.0943-2.1619	0.196	141	0.1658	1273	1414	1414	99
2.1619-2.2392	0.1804	140	0.17	1263	1403	1403	100
2.2392-2.3288	0.2366	137	0.1891	1236	1373	1373	96
2.3288-2.4348	0.2065	141	0.1788	1271	1412	1412	99
2.4348-2.5632	0.2294	143	0.184	1288	1431	1431	99
2.5632-2.7238	0.2241	141	0.1927	1268	1409	1409	98
2.7238-2.9341	0.2383	144	0.2007	1290	1434	1434	99
2.9341-3.2293	0.2381	143	0.191	1288	1431	1431	99
3.2293-3.6964	0.1681	142	0.1692	1281	1423	1423	97
3.6964-4.6566	0.1562	142	0.1439	1275	1417	1417	96
4.6566-50.8993	0.1642	147	0.1714	1319	1466	1466	94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.014 Å / Origin y: -24.3786 Å / Origin z: 13.6514 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1585 Å²	-0.02 Å²	-0.0092 Å²	-	0.1573 Å²	-0.005 Å²	-	-	0.1216 Å²
L	0.9207 °²	-0.1751 °²	-0.0621 °²	-	0.5266 °²	0.1174 °²	-	-	0.4278 °²
S	0.0084 Å °	0.0263 Å °	-0.0233 Å °	-0.014 Å °	-0.0153 Å °	-0.0047 Å °	-0.0102 Å °	0.0368 Å °	0.0074 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	7 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	8 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	7 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B - C	1 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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