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- PDB-4nl8: PriA Helicase Bound to SSB C-terminal Tail Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nl8
タイトルPriA Helicase Bound to SSB C-terminal Tail Peptide
要素
  • Primosome assembly protein PriA
  • Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PriA / SSB C-Terminal peptide / RecA fold / winged helix domain / helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair ...primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Primosomal protein N'-like, winged helix / Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain / PriA DNA helicase Cys-rich region (CRR) domain ...: / Primosomal protein N'-like, winged helix / Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain / PriA DNA helicase Cys-rich region (CRR) domain / Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein / Primosomal protein N' / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Bhattacharyya, B. / George, N.P. / Thurmes, T.M. / Keck, J.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural mechanisms of PriA-mediated DNA replication restart.
著者: Bhattacharyya, B. / George, N.P. / Thurmes, T.M. / Zhou, R. / Jani, N. / Wessel, S.R. / Sandler, S.J. / Ha, T. / Keck, J.L.
履歴
登録2013年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Single-stranded DNA-binding protein
A: Primosome assembly protein PriA
D: Single-stranded DNA-binding protein
B: Primosome assembly protein PriA
F: Single-stranded DNA-binding protein
E: Primosome assembly protein PriA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,00512
ポリマ－253,6136
非ポリマー3926
水00
1
C: Single-stranded DNA-binding protein
A: Primosome assembly protein PriA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6684
ポリマ－84,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Single-stranded DNA-binding protein
B: Primosome assembly protein PriA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6684
ポリマ－84,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: Single-stranded DNA-binding protein
E: Primosome assembly protein PriA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6684
ポリマ－84,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.610, 153.248, 192.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22E
13B
23E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 731 / Label seq-ID: 19 - 747

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AB
21BD
12AB
22EF
13BD
23EF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Single-stranded DNA-binding protein


分子量: 1300.392 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_02830, ssb c-terminal peptide / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8W6B0, UniProt: A0A0H3GL04*PLUS
#2: タンパク質 Primosome assembly protein PriA


分子量: 83237.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_41850, KPN_04230, priA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6TGC5
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.015 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, and 10% v/v 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月25日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.08→50 Å / Num. obs: 21752 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 10.91
反射 シェル解像度: 4.08→4.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASERMR位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.08→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 58.968 / SU ML: 0.776 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29848 1103 5.1 %RANDOM
Rwork0.24046 ---
obs0.24341 20649 84.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 142.274 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.13 Å20 Å2-0 Å2
2---1.02 Å2-0 Å2
3----4.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.08→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13359 0 6 0 13365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01913721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0213306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3171.95718661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9333.00230423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99951668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15323.238627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.309152211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.70615109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02115394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.39713.976759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.39613.9686758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.78220.9248389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other17.40422.148390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.31214.5426962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.72315.3856962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other16.1322.82910269
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined26.47754051
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other26.47654048
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A327880.05
12B327880.05
21A321220.07
22E321220.07
31B345150.06
32E345150.06
LS精密化 シェル解像度: 4.08→4.183 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 69 -
Rwork0.267 1291 -
obs--73.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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