PDB-4nkw: Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant A105L with substr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nkw

タイトル

Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant A105L with substrate pregnenolone

要素

Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LYASE / heme protein / monooxygenase / steroid 17alpha-hydroxylase / steroid C17 / 20 lyase / NADPH-cytochrome P450 reductase / cytochrome b5 / endoplasmic reticulum membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Scott, E.E. / Petrunak, E.P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structures of Human Steroidogenic Cytochrome P450 17A1 with Substrates.
著者: Petrunak, E.M. / DeVore, N.M. / Porubsky, P.R. / Scott, E.E.

履歴

登録	2013年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nkw.cif.gz	703.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nkw.ent.gz	595.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nkw_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nkw_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	4nkw_validation.xml.gz	65.7 KB	表示
CIF形式データ	4nkw_validation.cif.gz	86.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nkvC 4nkxC 4nkyC 4nkzC 3swzS 3ruk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cir-1 4nky-1 6cir-2 4nkz-2 5uys-2 4nkx-2 5irv-1 4nky-2 5irq-1 4nkv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.066, 152.627, 173.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase 分子量: 55782.223 Da / 分子数: 4 / 変異: A105L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17, CYP17A1, S17AH / プラスミド: pCWori17A1delta19H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P05093, EC: 1.14.99.9, EC: 4.1.2.30
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PLO / (3BETA)-3-HYDROXYPREGN-5-EN-20-ONE / PREGNENOLONE / プレグネノロン分子量: 316.478 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂O₂ / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl, 150 mM magnesium chloride hexahydrate, 25% PEG4000, 6% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.24 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日詳細: flat collimating Rh coated mirror, toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→39.11 Å / Num. all: 79881 / Num. obs: 79261 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 %
反射シェル	解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 5.8 % / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SWZ

3swz

解像度: 2.5→39.108 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	3978	5.02 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.1918	79236	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.108 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14852	0	264	87	15203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15477
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.185	21035
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.575	5742
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	2372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4998-2.5302	0.3295	126	0.2556	2184	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5302-2.5623	0.3493	132	0.2588	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5623-2.596	0.3555	121	0.2648	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.6315	0.3401	138	0.2553	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6315-2.6691	0.304	142	0.2428	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6691-2.7089	0.296	130	0.2216	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7089-2.7513	0.2894	133	0.2166	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7513-2.7964	0.326	142	0.2124	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.8446	0.2771	140	0.2232	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8446-2.8963	0.3149	159	0.2244	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8963-2.952	0.3041	142	0.2193	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.952-3.0122	0.3045	138	0.2213	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0122-3.0777	0.2836	151	0.2087	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0777-3.1492	0.3013	116	0.206	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1492-3.228	0.2675	147	0.2006	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.228-3.3152	0.2848	147	0.1935	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3152-3.4127	0.256	153	0.1875	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4127-3.5228	0.2383	163	0.1843	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5228-3.6486	0.2544	157	0.1804	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6486-3.7946	0.2361	150	0.1774	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7946-3.9671	0.2341	138	0.1708	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9671-4.176	0.2144	141	0.1701	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.176-4.4373	0.2316	133	0.1656	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4373-4.7794	0.2146	137	0.1621	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7794-5.2593	0.2196	147	0.1733	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2593-6.018	0.2504	143	0.2052	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
6.018-7.573	0.2564	154	0.2038	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
7.573-39.1129	0.1726	158	0.1607	2903	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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