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- PDB-4nji: Crystal Structure of QueE from Burkholderia multivorans in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nji
タイトルCrystal Structure of QueE from Burkholderia multivorans in complex with AdoMet, 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin, and Mg2+
要素7-carboxy-7-deazaguanine synthase
キーワードLYASE / AdoMet radical enzyme / modified partial TIM barrel-like structure / radical SAM fold / radical AdoMet fold / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


7-carboxy-7-deazaguanine synthase / carbon-nitrogen lyase activity / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / S-adenosyl-L-methionine binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
7-carboxy-7-deazaguanine synthase, Cx14CxxC-type / 7-carboxy-7-deazaguanine synthase-like / : / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2K8 / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / 7-carboxy-7-deazaguanine synthase / 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Dowling, D.P. / Bruender, N.A. / Young, A.P. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Radical SAM enzyme QueE defines a new minimal core fold and metal-dependent mechanism.
著者: Dowling, D.P. / Bruender, N.A. / Young, A.P. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
履歴
登録2013年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32014年7月2日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
B: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,87213
ポリマ－50,6872
非ポリマー2,18411
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.126, 119.126, 104.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-429-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 7-carboxy-7-deazaguanine synthase / CDG synthase / Queuosine biosynthesis protein QueE


分子量: 25343.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: queE, Bmul_3115, BMULJ_00116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A9AC61, UniProt: A0A0H3KB22*PLUS, 7-carboxy-7-deazaguanine synthase

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非ポリマー , 7種, 319分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-2K8 / (6R)-2-amino-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridine-6-carboxylic acid / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin


分子量: 211.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: anaerobic, 1.8-2.2 M sodium dipotassium phosphate, pH 6.8, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→28.9 Å / Num. all: 38406 / Num. obs: 38406 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.197→2.28 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NJG

4njg


解像度: 2.197→28.892 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1801 1886 4.92 %
Rwork0.1527 --
obs0.1541 38352 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.197→28.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3240 0 113 308 3661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.974742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7431300
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1974-2.25670.25371130.25922516X-RAY DIFFRACTION90
2.2567-2.32310.24751700.20072751X-RAY DIFFRACTION100
2.3231-2.39810.21331410.18062787X-RAY DIFFRACTION100
2.3981-2.48370.2171460.17142794X-RAY DIFFRACTION99
2.4837-2.58310.19721310.17132790X-RAY DIFFRACTION100
2.5831-2.70060.20431340.17832799X-RAY DIFFRACTION100
2.7006-2.84290.23381430.18032794X-RAY DIFFRACTION99
2.8429-3.02080.19621440.17572816X-RAY DIFFRACTION100
3.0208-3.25380.20191360.17792837X-RAY DIFFRACTION100
3.2538-3.58060.19371610.15382814X-RAY DIFFRACTION100
3.5806-4.09750.15311520.13152857X-RAY DIFFRACTION100
4.0975-5.15770.12951600.10842880X-RAY DIFFRACTION100
5.1577-28.89480.15991550.13733031X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.29220.15720.8971.33950.70861.3-0.0101-0.74940.25410.2119-0.09180.2511-0.0517-0.3350.07750.26620.04170.02230.4526-0.0680.2917-11.138385.625927.7891
23.87291.82453.7933.77332.33448.9640.1179-0.8374-0.12730.4535-0.24470.52480.4776-0.44520.13670.29030.01070.09930.5256-0.04230.4544-21.13879.49927.7192
32.84890.57790.84952.12030.16973.2704-0.1748-1.03610.35070.39290.05820.0419-0.2044-0.30740.09330.37840.038-0.01530.5595-0.13490.3225-7.883192.152233.4476
42.78390.7572.52241.00351.38156.3787-0.258-0.51340.57610.1673-0.06070.2291-0.5248-0.19690.31230.32710.0465-0.03420.3651-0.14450.4204-13.587496.150122.2516
51.9918-1.2123-0.43989.0783-2.82483.58130.01720.04120.10.1275-0.08450.0914-0.26350.00280.08540.19580.0159-0.04730.285-0.08930.2651-13.919787.0468.3692
62.09087.699-6.40612.0818-4.68216.9143-0.2780.6336-0.46290.00540.392-0.54060.24020.0220.00130.29780.0497-0.03680.3796-0.09820.374-8.246575.10475.5554
72.7649-0.5392-0.0455.3058-5.87148.38020.06640.1001-0.254-0.10330.12210.19120.160.2032-0.23130.2169-0.0185-0.02570.2684-0.07890.2895-4.648381.933310.8352
87.98920.23412.08730.8704-0.88151.40060.13890.6489-0.0446-0.1891-0.0113-0.2220.10750.3611-0.13770.28290.00010.0070.3988-0.10440.289313.417983.46071.7832
92.2571-0.7692.43316.4536-2.44737.37990.18490.852-0.3699-0.4943-0.2534-0.63930.77620.69510.04340.29130.03520.08470.5773-0.14230.522.106277.7740.988
104.4273-0.61353.06372.2336-0.00024.7779-0.09190.84960.1855-0.44550.0504-0.1301-0.21420.52020.04040.2918-0.04030.01570.4240.01890.221912.788192.008-1.4217
118.7265-6.6413.58826.1297-5.37557.9933-0.136-0.1130.45110.1875-0.1249-0.4731-0.73930.21070.18740.3025-0.0569-0.07960.249-0.06770.320813.796396.04778.0657
126.00882.59030.30754.2133-1.51762.7378-0.1293-0.1158-0.07020.10060.0483-0.2465-0.15810.02310.0770.21590.0097-0.03580.2508-0.0580.206917.944387.923819.5786
132.1195-8.8447-9.3339.55796.70279.2802-0.1631-0.5118-0.5522-0.07650.01550.65780.6716-0.24980.10730.3167-0.0742-0.11780.32830.05570.417310.279173.319323.4755
144.2991-0.40590.34144.79384.44612.2919-0.025-0.2165-0.2695-0.13850.0170.0377-0.0661-0.5309-0.00030.2688-0.0251-0.0410.28860.02650.27266.644981.718319.1845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:36)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 37:65)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 66:99)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 100:147)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 148:179)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 180:189)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 190:210)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 2:36)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 37:68)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 69:124)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 125:132)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 133:176)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 177:189)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 190:210)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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