PDB-4niv: Crystal structure of trypsiligase (K60E/N143H/Y151H/D189K trypsin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4niv

タイトル

Crystal structure of trypsiligase (K60E/N143H/Y151H/D189K trypsin) trigonal form

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / Trypsin / Serine proteinase / Enzyme design / Activation domain / Zymogen / Peptide ligation / Reverse proteolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Schoepfel, M. / Parthier, C. / Stubbs, M.T.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: N-terminal protein modification by substrate-activated reverse proteolysis.
著者: Liebscher, S. / Schopfel, M. / Aumuller, T. / Sharkhuukhen, A. / Pech, A. / Hoss, E. / Parthier, C. / Jahreis, G. / Stubbs, M.T. / Bordusa, F.

履歴

登録	2013年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4niv.cif.gz	98.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4niv.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4niv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4niv_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4niv_full_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示
XML形式データ	4niv_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	4niv_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4niv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4niv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4niwC 4nixC 4niyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hpf-3 6fud-d 6r8k-d 5twa-2 5c5t-1 1ckk-d 6kpq-d 1o0e-1 3st1-d 5c5t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (3) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.510, 54.510, 107.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- HOH
2	1	A-550- HOH

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin / Alpha-trypsin chain 1 / Alpha-trypsin chain 2 分子量: 23337.330 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-246 / 変異: K60E, N143H, Y151H, D189K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M HEPES/NaOH, 20% (w/v) polyethyleneglycol 4000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1→19.688 Å / Num. obs: 88765 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 7.85 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 21.08

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1-1.1	0.42	2.7	31924	13721	1	55.8
1.1-1.2	0.196	8.57	87759	16715	1	97.5
1.2-1.3	0.149	12.43	79272	12266	1	99.7
1.3-1.4	0.115	16.43	65074	9037	1	99.9
1.4-2	0.058	30.26	215710	24046	1	100
2-2.6	0.042	47.65	71514	6955	1	100
2.6-3.2	0.036	55.07	28319	2742	1	100
3.2-3.8	0.04	56.38	13074	1278	1	99.9
3.8-4.4	0.046	54.61	6916	691	1	100
4.4-10	0.047	53.87	11748	1202	1	100
10-20	0.058	48.19	898	112	1	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1→19.688 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9104 / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1729	4439	5 %
R_work	0.1502	-	-
obs	0.1513	88756	88.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.68 Å² / B_iso mean: 11.0072 Å² / B_iso min: 5.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→19.688 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1429	0	7	185	1621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1588
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.153	2174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	274
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.096	589

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1-1.0114	0.2936	48	0.2848	878	926	28
1.0114-1.0233	0.2789	59	0.2739	1121	1180	36
1.0233-1.0357	0.298	72	0.2554	1366	1438	44
1.0357-1.0489	0.2461	88	0.2249	1683	1771	53
1.0489-1.0627	0.2362	102	0.2179	1930	2032	62
1.0627-1.0772	0.2043	116	0.2074	2212	2328	71
1.0772-1.0926	0.2047	138	0.1805	2620	2758	82
1.0926-1.1089	0.1928	148	0.1668	2818	2966	90
1.1089-1.1262	0.1731	154	0.1418	2916	3070	94
1.1262-1.1447	0.1722	164	0.1299	3108	3272	99
1.1447-1.1644	0.1603	163	0.1259	3126	3289	99
1.1644-1.1856	0.1469	165	0.1229	3134	3299	99
1.1856-1.2084	0.1743	164	0.1241	3109	3273	100
1.2084-1.2331	0.1421	165	0.1263	3141	3306	100
1.2331-1.2599	0.1599	165	0.1244	3144	3309	100
1.2599-1.2892	0.1702	165	0.1273	3133	3298	100
1.2892-1.3214	0.1398	168	0.1246	3175	3343	100
1.3214-1.3571	0.1725	166	0.1268	3158	3324	100
1.3571-1.3971	0.1524	166	0.1267	3165	3331	100
1.3971-1.4421	0.1484	166	0.1232	3149	3315	100
1.4421-1.4937	0.1438	166	0.1191	3148	3314	100
1.4937-1.5534	0.1349	168	0.1192	3195	3363	100
1.5534-1.6241	0.1609	167	0.131	3171	3338	100
1.6241-1.7097	0.1664	168	0.1332	3198	3366	100
1.7097-1.8167	0.1649	168	0.1401	3179	3347	100
1.8167-1.9569	0.1639	168	0.1477	3200	3368	100
1.9569-2.1536	0.1461	169	0.1448	3220	3389	100
2.1536-2.4647	0.182	171	0.1625	3236	3407	100
2.4647-3.1033	0.2012	171	0.1787	3262	3433	100
3.1033-19.692	0.1897	181	0.1689	3422	3603	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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