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万見
- PDB-6r8k: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r8k
タイトルComplex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikD with an engineered HMA domain of Pikp-1 from rice (Oryza sativa)
要素
  • AVR-Pik protein
  • NBS-LRR class disease resistance protein Pikh-1
キーワードPLANT PROTEIN / NLR / Complex / HMA / Rice blast
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AVR-Pik-like, HMA interaction domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA ...: / AVR-Pik-like, HMA interaction domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / : / Leucine-rich repeat region / Alpha-Beta Plaits - #100 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AVR-Pik protein / NBS-LRR class disease resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Magnaporthe oryzae (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者De la Concepcion, J.C. / Franceschetti, M. / Banfield, M.J.
資金援助 英国, 日本, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004553 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P012574 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M02198X 英国
European Research Council743165 英国
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI 15H05779 日本
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Protein engineering expands the effector recognition profile of a rice NLR immune receptor.
著者: De la Concepcion, J.C. / Franceschetti, M. / MacLean, D. / Terauchi, R. / Kamoun, S. / Banfield, M.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Protein engineering expands the effector recognition profile of a rice NLR immune receptor
著者: De la Concepcion, J.C. / Franceschetti, M. / Terauchi, R. / Kamoun, S. / Banfield, M.J.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: exptl_crystal_grow / software / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _software.version
改定 1.32019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NBS-LRR class disease resistance protein Pikh-1
C: AVR-Pik protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2162
ポリマ－19,2162
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.790, 65.330, 75.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NBS-LRR class disease resistance protein Pikh-1


分子量: 8388.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: Pi-km1, Pikh-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5L9G5
#2: タンパク質 AVR-Pik protein / AVR-Pik protein ( Pikmprotein / Pikp protein ) / AvrPi7 protein


分子量: 10827.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (菌類) / 遺伝子: AVR-Pik, AvrPik, Pikm, Pikp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4B8B8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2- Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1M Buffer system 1 (1M Imidazole, MES monohydrate ...詳細: 0.12M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol, 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol, 0.2M 2- Propanol, 0.2M 1,4-Butanediol, 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1M Buffer system 1 (1M Imidazole, MES monohydrate (acid)) pH 6.5, 50% v/v Precipitant mix 4 (25%v/v MPD, 25%v/v PEG 1000, 25%v/v PEG3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→32.8 Å / Num. obs: 20294 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.971 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 978 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 1.01 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G10

6g10


解像度: 1.6→32.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.987 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1001 4.9 %RANDOM
Rwork0.1966 ---
obs0.1983 19242 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.56 Å2 / Biso mean: 25.609 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→32.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1248 0 0 126 1374
Biso mean---32.4 -
残基数----160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131307
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.6361768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3391.5942908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8015166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.97722.27366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.46715236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.226159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02270
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 76 -
Rwork0.255 1401 -
all-1477 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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